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评估单细胞 CRISPR 激活实验的捕获序列性能
ACS Synthetic Biology ( IF 3.7 ) Pub Date : 2021-02-24 , DOI: 10.1021/acssynbio.0c00499
Xin Yi Choo 1 , Yu Ming Lim 1 , Khairunnisa Katwadi 1 , Lynn Yap 1 , Karl Tryggvason 1 , Alfred Xuyang Sun 2, 3 , Shang Li 4 , Lusy Handoko 1 , John F Ouyang 1 , Owen J L Rackham 1
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单细胞 RNA 测序与 CRISPR 抑制/激活的结合提供了一种高通量方法，可以在单个实验中同时研究数百甚至数千个基因扰动的影响。基于 CRISPR 的单细胞技术的最新发展引入了一种特征条形码技术，该技术允许从同一细胞同时捕获 mRNA 和引导 RNA (gRNA)。这是通过引入捕获序列来实现的，捕获序列的互补序列可以整合到每个 gRNA 中，并可用于在测序之前放大这些特征。然而，由于该技术还处于起步阶段，因此关于如何优化此类实验参数的信息很少。为了克服这个问题，我们改变了捕获序列、捕获序列位置和 gRNA 主链，以确定用于 CRISPR 激活基因扰动研究的最佳 gRNA 支架。我们提供一份关于我们的筛查方法的报告以及我们的观察结果和供未来使用的建议。
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