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通过分子动力学计算机模拟研究球状蛋白水溶液中的相分离机制
Physical Chemistry Chemical Physics ( IF 2.9 ) Pub Date : 2020-11-27 , DOI: 10.1039/d0cp05160h Sandi Brudar 1 , Jure Gujt , Eckhard Spohr , Barbara Hribar-Lee
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蛋白质是活细胞中最丰富的生物大分子，它们在几乎每个生物过程中都发挥着至关重要的作用。为了维持其功能，蛋白质需要保持稳定（天然）状态。蛋白质水溶液中的分子间和分子内相互作用控制着蛋白质的命运，因为它们可以激发蛋白质的展开或缔合成聚集体。蛋白质聚集的初始步骤很难通过实验捕获，因此我们在本研究中使用分子动力学模拟。我们通过原子模拟研究了两种不同溶菌酶、鸡蛋清 (HEWL) 和 T4 WT* 溶菌酶以及人晶状体 γ-D 晶状体蛋白的初始聚集阶段。我们通过计算随时间变化的密度波动来监测其水溶液的相稳定性。我们发现尽管聚集，所有蛋白质仍然保持紧凑的形式。通过对分子间残基-残基相互作用的广泛分析，我们发现精氨酸在 HEWL 和 γ-D 晶状体蛋白聚集的初始阶段至关重要，同时发现赖氨酸是 T4 WT 之间形成初始接触最相关的氨基酸* 分子。
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