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计算棒状DNA纳米结构的弹性力学性能
Journal of Chemical Theory and Computation ( IF 5.7 ) Pub Date : 2020-11-09 , DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00661 Hemani Chhabra 1 , Garima Mishra 2 , Yijing Cao 1 , Domen Prešern 1 , Enrico Skoruppa 3 , Maxime M C Tortora 1, 4 , Jonathan P K Doye 1
Journal of Chemical Theory and Computation ( IF 5.7 ) Pub Date : 2020-11-09 , DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00661 Hemani Chhabra 1 , Garima Mishra 2 , Yijing Cao 1 , Domen Prešern 1 , Enrico Skoruppa 3 , Maxime M C Tortora 1, 4 , Jonathan P K Doye 1
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为了研究棒状DNA纳米结构的弹性特性，我们使用oxDNA粗粒度模型对这些结构进行了长时间的模拟。通过分析这些轨迹的波动，我们可以估算出弯曲和扭转的持续长度以及潜在的弯曲和扭转弹性模量以及它们之间的耦合。只有在超出与螺旋间跨度之间的距离相关的长度尺度时，弯曲波动的行为才像蠕虫链的行为。所获得的弯曲持久长度远大于双链DNA的弯曲持久长度，并且随着螺旋数的增加而非线性增加，而扭转模量则近似线性增加。为了在我们数据的数值误差范围内，扭曲弯曲耦合常数为零级。
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更新日期：2020-12-08
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