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使用 MeRIP/m6A-seq 检测 m6A 变化的限制。
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2020-04-20 , DOI: 10.1038/s41598-020-63355-3 Alexa B R McIntyre 1, 2 , Nandan S Gokhale 3 , Leandro Cerchietti 4 , Samie R Jaffrey 5 , Stacy M Horner 3, 6 , Christopher E Mason 1, 7, 8, 9
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许多细胞 mRNA 含有经过修饰的碱基 m6A，最近的研究表明各种刺激可以导致 m6A 的变化。绘制 m6A 并预测不同条件下 m6A 变化的最常用方法是甲基化 RNA 免疫沉淀测序 (MeRIP-seq)，通过该方法，甲基化区域被检测为免疫沉淀 RNA 相对于输入 RNA 的转录本覆盖率峰值。在这里，我们生成了重复对照并重新分析了已发表的 MeRIP-seq 数据，以估计实验的再现性。我们发现，即使在同一细胞类型中，不同研究之间 mRNA 的 m6A 峰值重叠也有约 30% 至 60% 的差异。然后，我们评估了统计方法来检测 m6A 峰的变化，以区别于基因表达的变化。然而，从这些已发布的数据集中，我们在大多数情况下检测到很少的变化，并且无法在类似刺激的研究中检测到一致的变化。总体而言，我们的工作确定了 MeRIP-seq 在检测峰和峰变化方面再现性的限制，并提出了分析峰变化的改进方法。
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