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使用DISCOVER-seq进行CRISPR脱靶检测。
Nature Protocols ( IF 13.1 ) Pub Date : 2020-04-20 , DOI: 10.1038/s41596-020-0309-5 Beeke Wienert 1, 2 , Stacia K Wyman 1 , Charles D Yeh 3 , Bruce R Conklin 1, 2, 4 , Jacob E Corn 3
Nature Protocols ( IF 13.1 ) Pub Date : 2020-04-20 , DOI: 10.1038/s41596-020-0309-5 Beeke Wienert 1, 2 , Stacia K Wyman 1 , Charles D Yeh 3 , Bruce R Conklin 1, 2, 4 , Jacob E Corn 3
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DISCOVER-seq（发现原位Cas脱靶并通过测序验证）是在细胞和组织中无偏见的CRISPR-Cas脱靶鉴定的广泛应用方法。在利用CRISPR核酸酶进行基因组编辑后，它将DNA修复因子的募集利用到双链断裂（DSB）。在这里，我们描述了执行DISCOVER-seq的详细实验协议和分析管道。该方法的原理是通过染色质免疫沉淀，然后进行下一代测序，跟踪MRE11向DSB的精确募集。定制的开放源代码生物信息学管道BLENDER（钝端查找器）随后将在全基因组范围内识别脱靶序列。DISCOVER-seq能够在原代细胞中发现并测量脱靶。DISCOVER-seq的两个主要优点是（i）假阳性率低，因为进行基因组编辑需要DNA修复酶结合，以及（ii）它适用于多种系统，包括患者来源的细胞和动物模型。整个方案（包括分析）可在2周内完成。
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更新日期：2020-04-24
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