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Exploring dynamic protein-protein interactions in cassava through the integrative interactome network.
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2020-04-16 , DOI: 10.1038/s41598-020-63536-0
Ratana Thanasomboon 1, 2 , Saowalak Kalapanulak 2, 3 , Supatcharee Netrphan 4 , Treenut Saithong 2, 3
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2020-04-16 , DOI: 10.1038/s41598-020-63536-0
Ratana Thanasomboon 1, 2 , Saowalak Kalapanulak 2, 3 , Supatcharee Netrphan 4 , Treenut Saithong 2, 3
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Protein-protein interactions (PPIs) play an essential role in cellular regulatory processes. Despite, in-depth studies to uncover the mystery of PPI-mediated regulations are still lacking. Here, an integrative interactome network (MePPI-Ux) was obtained by incorporating expression data into the improved genome-scale interactome network of cassava (MePPI-U). The MePPI-U, constructed by both interolog- and domain-based approaches, contained 3,638,916 interactions and 24,590 proteins (59% of proteins in the cassava AM560 genome version 6). After incorporating expression data as information of state, the MePPI-U rewired to represent condition-dependent PPIs (MePPI-Ux), enabling us to envisage dynamic PPIs (DPINs) that occur at specific conditions. The MePPI-Ux was exploited to demonstrate timely PPIs of cassava under various conditions, namely drought stress, brown streak virus (CBSV) infection, and starch biosynthesis in leaf/root tissues. MePPI-Uxdrought and MePPI-UxCBSV suggested involved PPIs in response to stress. MePPI-UxSB,leaf and MePPI-UxSB,root suggested the involvement of interactions among transcription factor proteins in modulating how leaf or root starch is synthesized. These findings deepened our knowledge of the regulatory roles of PPIs in cassava and would undeniably assist targeted breeding efforts to improve starch quality and quantity.
中文翻译：
通过整合相互作用组网络探索木薯中的动态蛋白质-蛋白质相互作用。
蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）在细胞调节过程中起着至关重要的作用。尽管如此，仍缺乏深入的研究来揭示PPI介导法规的奥秘。在这里，通过将表达数据整合到改良的木薯基因组规模的相互作用组网络（MePPI-U）中，获得了一个完整的相互作用组网络（MePPI-Ux）。MePPI-U，通过基于内部对话和基于域的方法构建，包含3,638,916个相互作用和24,590个蛋白质（木薯AM560基因组版本6中的蛋白质的59％）。将表达数据作为状态信息合并后，MePPI-U重新接线以代表条件相关的PPI（MePPI-Ux），使我们能够设想在特定条件下发生的动态PPI（DPIN）。利用MePPI-Ux来证明木薯在各种情况下的及时PPI，即干旱胁迫，棕条病毒（CBSV）感染和叶/根组织中淀粉的生物合成。MePPI-Uxdrought和MePPI-UxCBSV建议涉及PPI以应对压力。MePPI-UxSB（叶）和MePPI-UxSB（根）建议转录因子蛋白之间的相互作用参与调节叶片或根淀粉的合成方式。这些发现加深了我们对木薯中PPI调控作用的认识，并且无疑将有助于有针对性的育种工作以改善淀粉的质量和数量。根表明转录因子蛋白之间的相互作用参与调节叶片或根淀粉的合成方式。这些发现加深了我们对木薯中PPI调控作用的认识，并且无疑将有助于有针对性的育种工作以改善淀粉的质量和数量。根表明转录因子蛋白之间的相互作用参与调节叶或根淀粉的合成方式。这些发现加深了我们对木薯中PPI调控作用的认识，并且无疑将有助于有针对性的育种工作以改善淀粉的质量和数量。
更新日期：2020-04-24
中文翻译：
通过整合相互作用组网络探索木薯中的动态蛋白质-蛋白质相互作用。
蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）在细胞调节过程中起着至关重要的作用。尽管如此，仍缺乏深入的研究来揭示PPI介导法规的奥秘。在这里，通过将表达数据整合到改良的木薯基因组规模的相互作用组网络（MePPI-U）中，获得了一个完整的相互作用组网络（MePPI-Ux）。MePPI-U，通过基于内部对话和基于域的方法构建，包含3,638,916个相互作用和24,590个蛋白质（木薯AM560基因组版本6中的蛋白质的59％）。将表达数据作为状态信息合并后，MePPI-U重新接线以代表条件相关的PPI（MePPI-Ux），使我们能够设想在特定条件下发生的动态PPI（DPIN）。利用MePPI-Ux来证明木薯在各种情况下的及时PPI，即干旱胁迫，棕条病毒（CBSV）感染和叶/根组织中淀粉的生物合成。MePPI-Uxdrought和MePPI-UxCBSV建议涉及PPI以应对压力。MePPI-UxSB（叶）和MePPI-UxSB（根）建议转录因子蛋白之间的相互作用参与调节叶片或根淀粉的合成方式。这些发现加深了我们对木薯中PPI调控作用的认识，并且无疑将有助于有针对性的育种工作以改善淀粉的质量和数量。根表明转录因子蛋白之间的相互作用参与调节叶片或根淀粉的合成方式。这些发现加深了我们对木薯中PPI调控作用的认识，并且无疑将有助于有针对性的育种工作以改善淀粉的质量和数量。根表明转录因子蛋白之间的相互作用参与调节叶或根淀粉的合成方式。这些发现加深了我们对木薯中PPI调控作用的认识，并且无疑将有助于有针对性的育种工作以改善淀粉的质量和数量。
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