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Integrative Modeling of a Sin3/HDAC Complex Sub-structure
Cell Reports ( IF 7.5 ) Pub Date : 2020-04-14 , DOI: 10.1016/j.celrep.2020.03.080 Charles A S Banks 1 , Ying Zhang 1 , Sayem Miah 1 , Yan Hao 1 , Mark K Adams 1 , Zhihui Wen 1 , Janet L Thornton 1 , Laurence Florens 1 , Michael P Washburn 2
Cell Reports ( IF 7.5 ) Pub Date : 2020-04-14 , DOI: 10.1016/j.celrep.2020.03.080 Charles A S Banks 1 , Ying Zhang 1 , Sayem Miah 1 , Yan Hao 1 , Mark K Adams 1 , Zhihui Wen 1 , Janet L Thornton 1 , Laurence Florens 1 , Michael P Washburn 2
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Sin3/HDAC complexes function by deacetylating histones, condensing chromatin, and modulating gene expression. Although components used to build these complexes have been well defined, we still have only a limited understanding of the structure of the Sin3/HDAC subunits assembled around the scaffolding protein SIN3A. To characterize the spatial arrangement of Sin3 subunits, we combined Halo affinity capture, chemical crosslinking, and high-resolution mass spectrometry (XL-MS) to determine intersubunit distance constraints, identifying 66 interprotein and 63 self-crosslinks for 13 Sin3 subunits. Having assessed crosslink authenticity by mapping self-crosslinks onto existing structures, we used distance restraints from interprotein crosslinks to guide assembly of a Sin3 complex substructure. We identified the relative positions of subunits SAP30L, HDAC1, SUDS3, HDAC2, and ING1 around the SIN3A scaffold. The architecture of this subassembly suggests that multiple factors have space to assemble to collectively influence the behavior of the catalytic subunit HDAC1.
中文翻译：
Sin3/HDAC 复杂子结构的集成建模
Sin3/HDAC 复合物通过组蛋白去乙酰化、浓缩染色质和调节基因表达来发挥作用。尽管用于构建这些复合物的成分已被明确定义，但我们对围绕支架蛋白 SIN3A 组装的 Sin3/HDAC 亚基的结构仍然只有有限的了解。为了表征 Sin3 亚基的空间排列，我们结合 Halo 亲和捕获、化学交联和高分辨率质谱 (XL-MS) 来确定亚基间距离限制，识别出 13 个 Sin3 亚基的 66 个蛋白间连接和 63 个自交联。通过将自交联映射到现有结构上评估交联真实性后，我们使用蛋白质间交联的距离限制来指导 Sin3 复杂子结构的组装。我们确定了 SIN3A 支架周围亚基 SAP30L、HDAC1、SUDS3、HDAC2 和 ING1 的相对位置。该子组件的结构表明，多个因素有空间组装，共同影响催化亚基 HDAC1 的行为。
更新日期：2020-04-14
中文翻译：
Sin3/HDAC 复杂子结构的集成建模
Sin3/HDAC 复合物通过组蛋白去乙酰化、浓缩染色质和调节基因表达来发挥作用。尽管用于构建这些复合物的成分已被明确定义，但我们对围绕支架蛋白 SIN3A 组装的 Sin3/HDAC 亚基的结构仍然只有有限的了解。为了表征 Sin3 亚基的空间排列，我们结合 Halo 亲和捕获、化学交联和高分辨率质谱 (XL-MS) 来确定亚基间距离限制，识别出 13 个 Sin3 亚基的 66 个蛋白间连接和 63 个自交联。通过将自交联映射到现有结构上评估交联真实性后，我们使用蛋白质间交联的距离限制来指导 Sin3 复杂子结构的组装。我们确定了 SIN3A 支架周围亚基 SAP30L、HDAC1、SUDS3、HDAC2 和 ING1 的相对位置。该子组件的结构表明，多个因素有空间组装，共同影响催化亚基 HDAC1 的行为。
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