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硫酸乙酰肝素 3-O-磺基转移酶 1 生成抗凝血酶结合寡糖基序的组合虚拟文库筛选分析。
Computational and Structural Biotechnology Journal ( IF 4.4 ) Pub Date : 2020-04-01 , DOI: 10.1016/j.csbj.2020.03.008
Nehru Viji Sankaranarayanan 1, 2 , Yiling Bi 3 , Balagurunathan Kuberan 3, 4 , Umesh R Desai 1, 2
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药用肝素的活性源自关键的高亲和力和高选择性抗凝血酶结合基序,这构成了其作为抗凝剂的基础。目前猪肝素的供应问题提出了了解肝素生物合成的重要性,以便控制和推进可以绕过动物需求的重组表达剂。不幸的是,关于通过参与其生物合成的关键酶 3- O-磺基转移酶-1 (3OST-1)产生抗凝血酶结合基序,还有很多事情有待了解。在这项工作中,我们提出了一种新的计算方法来理解 3OST-1 对寡糖序列的识别。对数百个四糖和六糖序列应用组合虚拟文库筛选 (CVLS) 算法表明,3OST-1 属于数量不断增长的、具有非常高选择性识别糖胺聚糖的蛋白质。它更喜欢在五个残基中的每一个中携带不同基团的非常明确的五糖序列,以产生抗凝血酶结合基序。CVLS 还鉴定了关键残基,包括 His271、Arg72、Arg197 和 Lys173,它们在 -2、-1、+2 和 +1 处与 6-硫酸盐、5-COO´、2-/6-硫酸盐和 2-硫酸盐相互作用分别是前体五糖的位置。此外,不带电的残基,特别是 Gln163 和 Asn167,也被认为在识别中发挥着重要作用。总体而言,CVLS 成功预测了有助于工程选择性的 3OST-1 识别特征,因此人们期望可以设计重组酶来帮助解决当前抗凝肝素的供应问题。





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更新日期:2020-04-01
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