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多重短时元动力学模拟的加权直方图分析方法
Chemical Physics Letters ( IF 2.8 ) Pub Date : 2020-03-29 , DOI: 10.1016/j.cplett.2020.137384 Junichi Ono , Hiromi Nakai
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更新日期：2020-04-20
Chemical Physics Letters ( IF 2.8 ) Pub Date : 2020-03-29 , DOI: 10.1016/j.cplett.2020.137384 Junichi Ono , Hiromi Nakai
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开发了一种有效的计算方案，用于从多个元动力学（metaD）模拟中获得化学或生物系统中的自由能表面（FES）。在这项研究中，使用重加权方法在多个短时间metaD模拟中，分别计算了集体变量和其他自由度的偏差概率分布。最终，使用加权直方图分析方法（WHAM）构建了相应的平衡概率分布。该方法用于气相中丙氨酸二肽的构象转变，作为说明性应用。结果证实该方法对于有效地产生收敛的FES是可行的。
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