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Miniaturized Filter-Aided Sample Preparation (MICRO-FASP) Method for High Throughput, Ultrasensitive Proteomics Sample Preparation Reveals Proteome Asymmetry in Xenopus laevis Embryos.
Analytical Chemistry ( IF 6.7 ) Pub Date : 2020-03-03 , DOI: 10.1021/acs.analchem.0c00470 Zhenbin Zhang 1 , Kyle M Dubiak 1 , Paul W Huber 1 , Norman J Dovichi 1
Analytical Chemistry ( IF 6.7 ) Pub Date : 2020-03-03 , DOI: 10.1021/acs.analchem.0c00470 Zhenbin Zhang 1 , Kyle M Dubiak 1 , Paul W Huber 1 , Norman J Dovichi 1
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We report a miniaturized Filter Aided Sample Preparation method (micro-FASP) for low-loss preparation of submicrogram proteomic samples. The method employs a filter with ~0.1 mm2 surface area, reduces the total volume of reagents to < 10 μL, and requires only two sample transfer steps. The method was used to generate 25,883 unique peptides and 3,069 protein groups from 1,000 MCF-7 cells (~100 ng protein content), and 13,367 peptides and 1,895 protein groups were identified from 100 MCF-7 cells (~10 ng protein content). Single blastomeres from Xenopus laevis embryos at the 50-cell stage (~200 ng yolk free protein/blastomere) generated 20,943 unique peptides and 2,597 protein groups; the proteomic profile clearly differentiated left and right blastomeres and provides strong support for models in which this asymmetry is established early in the embryo. The parallel processing of 12 samples demonstrates reproducible label free quantitation of 1-μg protein homogenates.
中文翻译：
用于高通量、超灵敏蛋白质组学样品制备的小型过滤辅助样品制备 (MICRO-FASP) 方法揭示了非洲爪蟾胚胎中的蛋白质组不对称性。
我们报告了一种小型化过滤辅助样品制备方法（micro-FASP），用于低损失制备亚微克蛋白质组样品。该方法采用表面积约为 0.1 mm2 的过滤器，将试剂总体积减少至 < 10 μL，并且仅需要两个样品转移步骤。该方法用于从 1,000 个 MCF-7 细胞（~100 ng 蛋白质含量）中生成 25,883 个独特肽和 3,069 个蛋白质组，并从 100 个 MCF-7 细胞（~10 ng 蛋白质含量）中鉴定出 13,367 个肽和 1,895 个蛋白质组。来自 50 细胞阶段非洲爪蟾胚胎的单个卵裂球（约 200 ng 卵黄蛋白/卵裂球）产生 20,943 个独特的肽和 2,597 个蛋白质组；蛋白质组图谱清楚地区分了左右卵裂球，并为在胚胎早期建立这种不对称性的模型提供了强有力的支持。 12 个样品的并行处理证明了 1 μg 蛋白匀浆的可重复无标记定量。
更新日期：2020-03-12
中文翻译：
用于高通量、超灵敏蛋白质组学样品制备的小型过滤辅助样品制备 (MICRO-FASP) 方法揭示了非洲爪蟾胚胎中的蛋白质组不对称性。
我们报告了一种小型化过滤辅助样品制备方法（micro-FASP），用于低损失制备亚微克蛋白质组样品。该方法采用表面积约为 0.1 mm2 的过滤器，将试剂总体积减少至 < 10 μL，并且仅需要两个样品转移步骤。该方法用于从 1,000 个 MCF-7 细胞（~100 ng 蛋白质含量）中生成 25,883 个独特肽和 3,069 个蛋白质组，并从 100 个 MCF-7 细胞（~10 ng 蛋白质含量）中鉴定出 13,367 个肽和 1,895 个蛋白质组。来自 50 细胞阶段非洲爪蟾胚胎的单个卵裂球（约 200 ng 卵黄蛋白/卵裂球）产生 20,943 个独特的肽和 2,597 个蛋白质组；蛋白质组图谱清楚地区分了左右卵裂球，并为在胚胎早期建立这种不对称性的模型提供了强有力的支持。 12 个样品的并行处理证明了 1 μg 蛋白匀浆的可重复无标记定量。
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