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The genetic history of France.
European Journal of Human Genetics ( IF 3.7 ) Pub Date : 2020-02-10 , DOI: 10.1038/s41431-020-0584-1 Aude Saint Pierre 1 , Joanna Giemza 2 , Isabel Alves 2 , Matilde Karakachoff 2 , Marinna Gaudin 2 , Philippe Amouyel 3 , Jean-François Dartigues 4 , Christophe Tzourio 4 , Martial Monteil 5 , Pilar Galan 6 , Serge Hercberg 6 , Iain Mathieson 7 , Richard Redon 2 , Emmanuelle Génin 1 , Christian Dina 2
European Journal of Human Genetics ( IF 3.7 ) Pub Date : 2020-02-10 , DOI: 10.1038/s41431-020-0584-1 Aude Saint Pierre 1 , Joanna Giemza 2 , Isabel Alves 2 , Matilde Karakachoff 2 , Marinna Gaudin 2 , Philippe Amouyel 3 , Jean-François Dartigues 4 , Christophe Tzourio 4 , Martial Monteil 5 , Pilar Galan 6 , Serge Hercberg 6 , Iain Mathieson 7 , Richard Redon 2 , Emmanuelle Génin 1 , Christian Dina 2
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The study of the genetic structure of different countries within Europe has provided significant insights into their demographic history and population structure. Although France occupies a particular location at the western part of Europe and at the crossroads of migration routes, few population genetic studies have been conducted so far with genome-wide data. In this study, we analyzed SNP-chip genetic data from 2184 individuals born in France who were enrolled in two independent population cohorts. Using FineSTRUCTURE, six different genetic clusters of individuals were found that were very consistent between the two cohorts. These clusters correspond closely to geographic, historical, and linguistic divisions of France, and contain different proportions of ancestry from Stone and Bronze Age populations. By modeling the relationship between genetics and geography using EEMS, we were able to detect gene flow barriers that are similar across the two cohorts and correspond to major rivers and mountain ranges. Estimations of effective population sizes also revealed very similar patterns in both cohorts with a rapid increase of effective population sizes over the last 150 generations similar to other European countries. A marked bottleneck is also consistently seen in the two datasets starting in the 14th century when the Black Death raged in Europe. In conclusion, by performing the first exhaustive study of the genetic structure of France, we fill a gap in genetic studies of Europe that will be useful to medical geneticists, historians, and archeologists.
中文翻译：
法国的遗传史。
对欧洲不同国家遗传结构的研究为了解其人口历史和人口结构提供了重要见解。尽管法国位于欧洲西部和迁徙路线的十字路口，但迄今为止，很少有利用全基因组数据进行的群体遗传研究。在这项研究中，我们分析了来自法国出生的 2184 名个体的 SNP 芯片遗传数据，这些个体被纳入两个独立的人群队列。使用 FineSTRUCTURE，发现了六个不同的个体遗传簇，它们在两个队列之间非常一致。这些集群与法国的地理、历史和语言划分密切对应，并且包含不同比例的石器和青铜器时代人群的祖先。通过使用 EEMS 对遗传学和地理之间的关系进行建模，我们能够检测到两个队列中相似并对应于主要河流和山脉的基因流动障碍。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。我们能够检测到两个队列中相似的基因流动障碍，并且对应于主要河流和山脉。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。我们能够检测到两个队列中相似的基因流动障碍，并且对应于主要河流和山脉。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。
更新日期：2020-02-10
中文翻译：
法国的遗传史。
对欧洲不同国家遗传结构的研究为了解其人口历史和人口结构提供了重要见解。尽管法国位于欧洲西部和迁徙路线的十字路口，但迄今为止，很少有利用全基因组数据进行的群体遗传研究。在这项研究中，我们分析了来自法国出生的 2184 名个体的 SNP 芯片遗传数据，这些个体被纳入两个独立的人群队列。使用 FineSTRUCTURE，发现了六个不同的个体遗传簇，它们在两个队列之间非常一致。这些集群与法国的地理、历史和语言划分密切对应，并且包含不同比例的石器和青铜器时代人群的祖先。通过使用 EEMS 对遗传学和地理之间的关系进行建模，我们能够检测到两个队列中相似并对应于主要河流和山脉的基因流动障碍。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。我们能够检测到两个队列中相似的基因流动障碍，并且对应于主要河流和山脉。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。我们能够检测到两个队列中相似的基因流动障碍，并且对应于主要河流和山脉。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。对有效种群规模的估计也揭示了两个队列中非常相似的模式，在过去的 150 代中有效种群规模的迅速增加与其他欧洲国家类似。在 14 世纪黑死病在欧洲肆虐时开始的两个数据集中也始终存在明显的瓶颈。总之，通过对法国基因结构的首次详尽研究，我们填补了欧洲基因研究的空白，这将对医学遗传学家、历史学家和考古学家有用。
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