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分子间三螺旋形成引起的 DNA 结构变化。

ACS Omega ( IF 3.7 ) Pub Date : 2020-01-15 , DOI: 10.1021/acsomega.9b03776
Ibrahim Sayoh 1 , David A Rusling 1 , Tom Brown 2 , Keith R Fox 1
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分子间 DNA 三链体的 DNase I 足迹通常伴随着三链体-双链体连接处靶位点 3' 端的增强切割。我们通过依次检查寡核苷酸与每个碱基侧翼位点的结合,系统地研究了这种效应的序列依赖性。对于具有末端 T.AT 三联体的复合物,ApC 的增强最大,其次是 ApG 和 ApT,ApA 的增强最弱。对于具有末端 C+.GC 三联体的三链体,观察到类似的 DNase I 增强,但不同 GpN 位点之间几乎没有差异。在 AAA 或 AAC 处三链体-双链体连接侧翼的 As 处观察到对焦碳酸二乙酯的反应性增强,但 AAG 或 AAT 处未观察到。荧光熔化实验表明,侧翼碱基影响稳定性,侧翼 C 和 G 之间的 T m 差异为 4 °C。产生最强增强的序列与具有较低热稳定性的序列相关。这些结果可以根据寡核苷酸诱导的 DNA 结构和/或灵活性变化来解释。




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更新日期:2020-01-29
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