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视紫红质中视网膜-视蛋白相互作用的残基-残基互作分析：对蛋白质-配体结合的影响。
Journal of Chemical Theory and Computation ( IF 5.7 ) Pub Date : 2020-02-03 , DOI: 10.1021/acs.jctc.9b01035 Wenjin Li 1
Journal of Chemical Theory and Computation ( IF 5.7 ) Pub Date : 2020-02-03 , DOI: 10.1021/acs.jctc.9b01035 Wenjin Li 1
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通过结合分子动力学模拟，过渡路径采样和新开发的能量分解方法，研究了视紫红质中视蛋白相互作用的单一残基水平的能量贡献。由于其与另一个残基的相互作用，在无限的时间间隔内将虚拟功分解为一个残基上的功成分，然后将其沿拟议的反应坐标在过渡路径集合中平均。对视紫红质活性中心内的62个残基进行残基-残基互作分析，得出了非常稀疏的相互作用矩阵，该矩阵通常不对称，但在某种程度上是反对称的。在从视紫红质到蓝移中间物的一条合理途径中，有14个残基被认为是视网膜松弛的主要参与者。这与现有的NMR研究非常吻合。基于互作用矩阵，构建了一个综合网络，以从能量流的角度提供对发色团-蛋白质相互作用的详细见解。
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更新日期：2020-02-03
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