Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your
feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
生态位分化在根际在空间和时间上受到调节。
The ISME Journal ( IF 10.8 ) Pub Date : 2020-01-17 , DOI: 10.1038/s41396-019-0582-x
Erin E Nuccio 1 , Evan Starr 2 , Ulas Karaoz 3 , Eoin L Brodie 3, 4 , Jizhong Zhou 3, 5, 6 , Susannah G Tringe 7 , Rex R Malmstrom 7 , Tanja Woyke 7 , Jillian F Banfield 3, 4 , Mary K Firestone 3, 4 , Jennifer Pett-Ridge 1
Affiliation
根际是微生物碳转化的热点,也是根多糖和聚合碳水化合物的入口点,而根多糖和聚合碳水化合物是土壤有机质(SOM)的重要前体。然而,人们对根际碳水化合物解聚的生态机制知之甚少。利用燕麦(一种常见的一年生草),我们分析了时间分辨元转录组,以比较根际、碎屑圈和根际-碎屑圈组合生境中的微生物功能。使用从土壤分离基因组、单细胞扩增基因组、宏基因组和稳定同位素探测宏基因组生成的独特参考数据库对转录本进行分类。虽然土壤栖息地显着影响群落组成和整体基因表达,但微生物功能的演替发生的时间尺度比组成变化更快。利用上调分解基因的层次聚类,我们确定了由类群组成的四个不同的微生物群,其功能演替模式表明对新鲜生长的根、腐烂的根碎屑、活根和腐烂根生物量的组合或老化根材料提供的底物的专门化。碳水化合物解聚基因在根际中持续上调,并且分类和功能多样性在根际-碎屑圈组合中最高,表明生态位分化促进了根际行会的共存。元转录组定义的公会提供了一个框架来模拟根际演替及其对土壤碳循环的影响。
"点击查看英文标题和摘要"