By constructing mutant libraries and utilizing high-throughput screening methods, directed evolution has emerged as the most popular strategy for protein design nowadays. In the past decade, taking advantages of computer performance and algorithms, computer-assisted protein design has rapidly developed and become a powerful method of protein engineering. Based on the simulation of protein structure and calculation of energy function, computational design can alter the substrate specificity and improve the thermostability of enzymes, as well as de novo design of artificial enzymes with expected functions. Recently, machine learning and other artificial intelligence technologies have also been applied to computational protein engineering, resulting in a series of remarkable applications. Along the lines of protein engineering, this paper reviews the progress and applications of computer-assisted protein design, and current trends and outlooks of the development. 定向进化通过建立突变体文库与高通量筛选方法，快速提升蛋白的特定性质，是目前蛋白质工程最为常用的蛋白质设计改造策略。近十年随着计算机运算能力大幅提升以及先进算法不断涌现，计算机辅助蛋白质设计改造得到了极大的重视和发展，成为蛋白质工程新开辟的重要方向。以结构模拟与能量计算为基础的蛋白质计算设计不但能改造酶的底物特异性与热稳定性，还可从头设计具有特定功能的人工酶。近年来机器学习等人工智能技术也被应用于计算机辅助蛋白质设计改造，并取得瞩目的成绩。文中介绍了蛋白质工程的发展历程，重点评述当前计算机辅助蛋白质设计改造方面的进展与应用，并展望其未来发展方向。.

中文翻译：

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[蛋白质工程：从定向进化到计算设计]。

通过构建突变体文库并利用高通量筛选方法，定向进化已成为当今蛋白质设计最流行的策略。在过去的十年中，利用计算机性能和算法的优势，计算机辅助蛋白质设计得到了迅速发展，并成为蛋白质工程的有力方法。基于蛋白质结构的模拟和能量函数的计算，计算设计可以改变底物特异性，提高酶的热稳定性，以及从头开始设计具有预期功能的人造酶。最近，机器学习和其他人工智能技术也已应用于计算蛋白质工程，从而产生了一系列引人注目的应用。按照蛋白质工程的思路，本文回顾了计算机辅助蛋白质设计的进展和应用，以及当前的趋势和发展前景。定向进化通过建立突变体文库与高通量筛选方法，快速提升蛋白的特定性质，是现有蛋白质工程最常用的蛋白质设计改造策略。近十年来计算机运算能力增强以及先进算法不断涌现，计算机辅助蛋白质设计改造得到了极大的改善和发展，成为蛋白质工程新开辟的重要方向。以结构模拟与能量计算为基础的蛋白质计算设计不但能改造酶的底物替代与热稳定性，否则从头设计具有特定功能的人工酶。并通过机器学习等人工智能技术也被替换为计算机辅助蛋白质设计改造，并获得关注的目标绩效。文中介绍了蛋白质工程的发展历程，重述了现代计算机辅助蛋白质设计改造方面的进展与应用，并展望其未来发展方向。