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绘制 Ryanodine 受体孔腔中的 Ryanodine 结合位点
Biophysical Journal ( IF 3.2 ) Pub Date : 2017-04-01 , DOI: 10.1016/j.bpj.2017.03.014
Van A Ngo 1 , Laura L Perissinotti 1 , Williams Miranda 1 , S R Wayne Chen 2 , Sergei Y Noskov 1
Biophysical Journal ( IF 3.2 ) Pub Date : 2017-04-01 , DOI: 10.1016/j.bpj.2017.03.014
Van A Ngo 1 , Laura L Perissinotti 1 , Williams Miranda 1 , S R Wayne Chen 2 , Sergei Y Noskov 1
Affiliation
Ryanodine (Ryd) 不可逆地靶向 ryanodine 受体 (RyRs)，这是一个细胞内钙释放通道家族，对从肌肉收缩到学习和记忆的许多细胞过程至关重要。关于 Ryd 如何与 RyRs 结合的原子细节知之甚少。在这项研究中，我们使用全原子分子动力学模拟以及增强和双向采样来直接了解 Ryd 如何与 RyRs 中的主要残基相互作用，这些残基被实验确定为对其结合至关重要。我们发现 Ryd 的吡咯环对 RyR1 腔中的 R4892AGGG-F4921 残基显示出偏好，这解释了实验中 RyR2 中相应突变的影响。特别，对门控和 Ryd 结合至关重要的突变体 Q4933A（或 RyR2 中的 Q4863A）不仅与 Ryd 的相互作用显着低于野生型，而且在空腔中为 Ryd 和水分子提供了更多空间。这些结果描述了 RyR 腔中 Ryd 的清晰结合模式，并提供了解释 RyR 阻断收集的功能数据的结构机制。
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更新日期：2017-04-01
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