SUMMARY Evaluation of the capacity for separating actives from challenging decoys is a crucial metric of performance related to molecular docking or a virtual screening workflow. The Directory of Useful Decoys (DUD) and its enhanced version (DUD-E) provide a benchmark for molecular docking, although they only contain a limited set of decoys for limited targets. DecoyFinder was released to compensate the limitations of DUD or DUD-E for building target-specific decoy sets. However, desirable query template design, generation of multiple decoy sets of similar quality, and computational speed remain bottlenecks, particularly when the numbers of queried actives and retrieved decoys increases to hundreds or more. Here, we developed a program suite called RApid DEcoy Retriever (RADER) to facilitate the decoy-based assessment of virtual screening. This program adopts a novel database-management regime that supports rapid and large-scale retrieval of decoys, enables high portability of databases, and provides multifaceted options for designing initial query templates from a large number of active ligands and generating subtle decoy sets. RADER provides two operational modes: as a command-line tool and on a web server. Validation of the performance and efficiency of RADER was also conducted and is described. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION RADER web server and a local version are freely available at http://rcidm.org/rader/ . CONTACT lingwang@scut.edu.cn or went@scut.edu.cn . SUPPLEMENTARY INFORMATION Supplementary data are available at Bioinformatics online.

中文翻译：

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RADER：一种快速诱饵猎犬，用于促进基于诱饵的虚拟筛查评估。

总结 评估从具有挑战性的诱饵中分离活性物质的能力是与分子对接或虚拟筛选工作流程相关的关键性能指标。有用诱饵目录 (DUD) 及其增强版 (DUD-E) 为分子对接提供了基准，尽管它们仅包含有限目标的一组有限诱饵。DecoyFinder 的发布是为了弥补 DUD 或 DUD-E 在构建目标特定诱饵集方面的局限性。然而，理想的查询模板设计、相似质量的多个诱饵集的生成和计算速度仍然是瓶颈，特别是当查询的活动和检索到的诱饵的数量增加到数百或更多时。在这里，我们开发了一个名为 RApid DEcoy Retriever (RADER) 的程序套件，以促进基于诱饵的虚拟筛查评估。该程序采用了一种新的数据库管理机制，支持快速和大规模检索诱饵，实现数据库的高度可移植性，并提供多方面的选项，用于从大量活性配体中设计初始查询模板并生成微妙的诱饵集。RADER 提供两种操作模式：作为命令行工具和在 Web 服务器上。还对 RADER 的性能和效率进行了验证并进行了描述。可用性和实施​​ RADER 网络服务器和本地版本可在 http://rcidm.org/rader/ 免费获得。联系 lingwang@scut.edu.cn 或 go@scut.edu.cn 。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics online 获得。实现了数据库的高度可移植性，并为从大量活性配体设计初始查询模板和生成微妙的诱饵集提供了多方面的选项。RADER 提供两种操作模式：作为命令行工具和在 Web 服务器上。还对 RADER 的性能和效率进行了验证并进行了描述。可用性和实施​​ RADER 网络服务器和本地版本可在 http://rcidm.org/rader/ 免费获得。联系 lingwang@scut.edu.cn 或 go@scut.edu.cn 。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics online 获得。实现了数据库的高度可移植性，并为从大量活性配体设计初始查询模板和生成微妙的诱饵集提供了多方面的选项。RADER 提供两种操作模式：作为命令行工具和在 Web 服务器上。还对 RADER 的性能和效率进行了验证并进行了描述。可用性和实施​​ RADER 网络服务器和本地版本可在 http://rcidm.org/rader/ 免费获得。联系 lingwang@scut.edu.cn 或 go@scut.edu.cn 。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics online 获得。还对 RADER 的性能和效率进行了验证并进行了描述。可用性和实施​​ RADER 网络服务器和本地版本可在 http://rcidm.org/rader/ 免费获得。联系 lingwang@scut.edu.cn 或 go@scut.edu.cn 。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics online 获得。还对 RADER 的性能和效率进行了验证并进行了描述。可用性和实施​​ RADER 网络服务器和本地版本可在 http://rcidm.org/rader/ 免费获得。联系 lingwang@scut.edu.cn 或 go@scut.edu.cn 。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics online 获得。