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MNase滴定揭示了核小体占有率和染色质可及性之间的差异。
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2016-05-06 , DOI: 10.1038/ncomms11485 Jakub Mieczkowski , April Cook , Sarah K. Bowman , Britta Mueller , Burak H. Alver , Sharmistha Kundu , Aimee M. Deaton , Jennifer A. Urban , Erica Larschan , Peter J. Park , Robert E. Kingston , Michael Y. Tolstorukov
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2016-05-06 , DOI: 10.1038/ncomms11485 Jakub Mieczkowski , April Cook , Sarah K. Bowman , Britta Mueller , Burak H. Alver , Sharmistha Kundu , Aimee M. Deaton , Jennifer A. Urban , Erica Larschan , Peter J. Park , Robert E. Kingston , Michael Y. Tolstorukov
染色质的可及性在基因调控中起着基本作用。核小体的放置(通常通过量化DNA对酶消化的保护来衡量)可以调节可及性。我们引入了一种度量,该度量以新颖的方式使用微球菌核酸酶(MNase)消化,通过结合来自深度不断增加的几种消化物中的信息来测量染色质可及性。MACC(MNase可及性)这一度量标准量化了核小体可及性的固有异质性,其中某些核小体在高MNase时优先出现,而某些在低MNase时优先出现。MACC询问每个基因组基因座,在同一试验中测量核小体的位置和可及性。MACC可以在有或没有组蛋白免疫沉淀步骤的情况下进行,从而比较了组蛋白和非组蛋白的保护作用。我们发现在增强子,启动子和其他调控区域可及性的变化与核小体占用的变化不相关。此外,核小体的高占用并不一定排除了高可及性,这揭示了染色质调节的新原理。
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更新日期:2016-05-09
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