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1. 关于期刊
Structural Chemistry是双月刊,致力于发表结构化学领域的原创研究论文,包括对方法与结构、实验、理论,计算及其组合的讨论,本刊也十分欢迎探索结构中蕴含的化学生物学意义的研究成果。
Structural Chemistry跨越了当前人为对结构确定、能量学和应用的人工划分,建立了通往其他化学学科的桥梁。它为观察各种性质之间的关系,以及结构和能量信息在化学领域的应用等诸多话题提供了讨论平台。
2. 特刊主题
化学生物信息学、化学计量学和机器学习在COVID-19相关研究中的应用。
3. 特刊简介
从2019年年底开始的新冠疫情仍在继续,尽管目前已有一些疫苗可用,但是还没有已证明对COVID-19有疗效的抗病毒药物。鉴于当前COVID-19疫情的破坏性影响和未来COVID-19流行的可能性,有必要迅速开发新的治疗方法和快速干预方案。冠状病毒有很多变体,但它们有很多相似性,这应该是有希望成为识别2019-nCoV抗病毒治疗靶点的基础。计算药物设计和药物再利用策略可以为不同的识别目标确定合适的药物。不同的化学生物信息学方法,包括基于结构(同源建模、分子对接、分子动力学、蛋白质-蛋白质相互作用网络等)和基于配体的建模策略(药效基因定位、定量结构-活性关系/QSARs和化学计量学模型)可用于这一目的,为进一步的实验确定候选药物的优先次序。药物再利用是在短时间内为已知药物找到新适应症的有效方法,可用于克服现有抗病毒药物耐药性的出现和重新出现的病毒感染。这种方法通常依赖于一个综合的管道,包括对药物库进行虚拟筛选,利用分子相似性方法和分子对接及结合自由能计算来预测药物-靶标的相互作用和结合亲和力,从而找到合适的药物-靶标对。
本期特刊“化学生物信息学、化学计量学和机器学习在COVID-19相关研究中的应用”,将征集一批优秀的综述文章和研究论文,致力于针对不同靶点的候选药物的计算模型和从不同数据库中收集的现有药物和候选药物的计算再利用/重组,如冠状病毒主蛋白酶(3CLpro)。木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro)、RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)、病毒刺突糖蛋白(S蛋白)、跨膜蛋白酶丝氨酸2(TMPRSS2)、血管紧张素转换酶2(ACE2)、血管紧张素AT2等受体。也欢迎运用人工智能、机器学习和深度学习技术对相关内容进行研究而获得的研究成果。除了计算药物设计和药物再利用外,作者也可以提交与抗冠状病毒药物开发有关的实验结果。本期特刊旨在展示COVID-19片段和潜在候选药物结构细节的计算模型(包括化学-生物信息学模型、化学计量学模型和机器学习模型)。同时,也欢迎能确定潜在的COVID-19候选药物,并提供进一步合成和实验的优先候选药物清单的相关实验研究论文。
可接收的主题包括(但不限于):
新型冠状病毒/COVID-19、药物设计、药物再利用、化学生物信息学、化学信息学、化学计量学、机器学习、QSAR、药效基因、同源建模、分子对接、分子动力学、网络药理学。
若您对特刊内容有疑问,请联系客座编辑Prof. Kunal Roy (kunal.roy@jadavpuruniversity.in).
若您对在投稿过程中有任何有疑问请联系责任编辑Xiuxiao Liu (xiuxiao.liu@cn.springernature.con)或Xin Guo (Xin.guo@cn.springernature.com).
投稿截止日期:2022年3月31日
4. 客座编辑
Kunal Roy博士是印度贾达普大学(Jadavpur University)制药技术系的教授和前主任。
他的研究方向是定量结构-活性关系(QSAR)和分子建模,以及在药物设计、属性建模和预测生态毒理学方面的应用。
罗伊教授已在权威期刊上发表了300多篇研究文章(ORCID:http://orcid.org/0000-0003-4486-8074),目前Scopus的h-index为45,迄今为止总引用次数超过10500。他还合著了两本QSAR相关书籍(与Academic Press、Springer Nature),参与编辑了六本QSAR相关书籍(与Springer Nature、Academic Press、IGI Global),并出版了十多本书籍章节。罗伊教授是《分子多样性》(Molecular Diversity, Springer Nature, https://www.springer.com/journal/11030/editors)和《国际定量结构-性质关系杂志》(International Journal of Quantitative Structure-Property Relationships (IJQSPR), IGI Global, http://www.igi-global.com/journal/international-journal-quantitative-structure-property/126552) 的主编,并在多个国际期刊任编委会成员。
罗伊教授曾获得英联邦学术人员奖学金(曼彻斯特大学,2007年)和玛丽-居里国际进修奖学金(曼彻斯特大学,2013年),曾是意大利米兰马里奥·内格里药理学研究所的访问学者。他曾获得多个奖项,包括AICTE职业奖(2003-2004)、DST青年科学家快速通道计划(2005)、荷兰爱思唯尔颁发的2003-2006、2004-2007和2006-2009年生物有机和药物化学最高引论文奖、荷兰爱思唯尔颁发的2006-2009年生物有机和药物化学通讯最高引论文奖等等。罗伊教授最近被列入世界科学作者数据库前2%的名单,在药物和生物分子化学子领域,世界排名第87位(来源: https://elsevier.digitalcommonsdata.com/datasets/btchxktzyw/3)。
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