监测海洋物种多样性，过敏性咳嗽，检测蛋白-DNA相互作用 | BMC系列期刊月度热文

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本期热点：利用环境DNA技术检测混浊海洋中的鲨鱼和鳐鱼物种多样性；新冠疫情对英国伦敦急诊科就诊情况的影响；ssvQC: 组蛋白修饰和转录因子的集成CUT&RUN质量控制流程；代谢综合征患者咳嗽过敏反应的相关危险因素；对头痛疾病的补充和替代药物的系统评价。

1.透过沉积物水域观察：环境DNA技术减少了混浊海洋栖息地中鲨鱼和鳐鱼的虚假多样性

期刊：BMC Ecology and Evolution

标题：Seeing through sedimented waters: environmental DNA reduces the phantom diversity of sharks and rays in turbid marine habitats

DOI：10.1186/s12862-021-01895-6

海水沉积，再加上（海洋动物）难以捉摸的行为，使得生态学家很难监测到受威胁或行踪不定的物种。然而，随着新分子技术的发展，研究人员可以通过在环境样本中发现的DNA找到比目视法所能看到的更多的东西。

在 BMC Ecology and Evolution 期刊最近发表的一项研究中，Ip及其同事将环境DNA（Environmental DNA，eDNA）技术应用于海水，以检测新加坡沿海城市珊瑚礁沉积环境中的鲨鱼和鳐鱼物种。历史报告记录的鲨鱼和鳐鱼物种的多样性比最近观测到的要高得多。因此，研究人员想弄清楚物种是否已经发生了局部灭绝，或者它们是否已经变得非常罕见，无法通过传统的目测法得到调查结果。通过分析海水中的eDNA，研究人员发现生活在新加坡海岸的鲨鱼和鳐鱼物种数量是过去20年里通常发现的两倍，并且他们还兴奋地发现了两个潜在的新物种。【译者注：环境DNA技术是指从生物体生活环境中直接提取不同物种的DNA片段，然后利用分子手段与生物的特异性基因识别片段进行比对，进而确定环境中某一物种是否存在的一种技术，是一种新型的生物资源调查手段。】

面对全球生态变化，更深入地了解地球过去和现在的生态系统对于管理生物多样性损失和确定保护优先次序比以往任何时候都更为重要。这项研究是一个很好的例子，说明了环境DNA技术的进步如何帮助我们满足对知识的需求。

2.新冠疫情对伦敦两家大型医院急诊室就诊模式的影响：一项观察性研究

期刊：BMC Health Services Research

标题：The impact of the COVID-19 pandemic on patterns of attendance at emergency departments in two large London hospitals: an observational study

DOI：10.1186/s12913-021-07008-9

英格兰各地的医院都进行了调整以应对新冠疫情造成的就诊需求增加。首先，英国国家卫生服务机构对医疗资源进行了前所未有的整合及重新安排，包括推迟非紧急手术和提供视频咨询。2020年3月，英国政府采取了一系列干预措施，如保持社交距离，并要求民众在全国封锁期间呆在家里。

然而，为应对COVID-19大流行而采取的这些措施对英国急诊科（ED）就诊的影响相对未知，尤其是对非新冠肺炎相关的急诊情况。因此，Vollmer及其同事在伦敦帝国理工学院医疗保健NHS信托基金（ICHNT）进行了一项关于急诊科就诊率的观察性研究，以了解相关信息。

在英国政府于2020年3月12日至2020年5月31日实施第一次全国封锁后，ICHT的急诊科就诊率下降了35%，反映出英格兰更大范围内的趋势。急诊科就诊人数的下降主要是那些65岁以下可自行前往医院的人。2020年3月12日后，非COVID-19患者的急诊就诊率减少了48%，这些患者的住院结果没有明显变化。与寻求其他紧急医疗服务的人相比，这些发现在多大程度上与因担心冠状病毒而产生的回避行为有关，目前尚不清楚。

3.ssvQC: 组蛋白修饰和转录因子的集成CUT&RUN质量控制流程

期刊：BMC Research Notes

标题：ssvQC: an integrated CUT&RUN quality control workflow for histone modifications and transcription factors

DOI：10.1186/s13104-021-05781-8

你体内的所有细胞都含有相同的DNA，但每种细胞的基因表达都不同。蛋白质，包括转录因子和组蛋白，通过与DNA结合来调节基因表达，从而决定细胞的特性。控制基因活性的DNA-蛋白质结合的变化是发育和疾病的基础。因此，研究特定的DNA-蛋白质相互作用对研究人员来说是非常重要的。

传统上，一种称为染色质免疫沉淀（ChIP）的技术被用来实现这一目标。然而，ChIP存在一些缺陷，这促使Skene和Henikoff开发了一种新技术，名为CUT＆RUN（核酸酶靶向切割和释放）。【译者注：CUT＆RUN（Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease）是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA相互作用的通用技术。该方法可用于检测与基因组某个特定区域有关的多种蛋白，或相反，用于检测与某种特殊蛋白有关的基因组的多个区域。除了组蛋白，CUT＆RUN技术还可用于分析转录因子和辅因子结合、DNA复制因子和DNA修复蛋白的结合。】

在CUT＆RUN中，靶向DNA-蛋白质复合物是直接从细胞核分离出来的，没有经过沉淀步骤。在ChIP中，进行核酸酶靶向切割和释放需要使用一种特定的抗体来识别我们感兴趣的DNA结合蛋白。然而，在CUT&RUN中，一种识别蛋白质-抗体相互作用的酶被用来切割不同的蛋白质-DNA复合物，这些复合物可以被分离和测序。因此，与ChIP相比，CUT&RUN允许使用更少的细胞以更高的分辨率绘制DNA-蛋白质相互作用的基因组图谱。

由于技术上的困难，在新鲜细胞上使用CUT&RUN技术并不总是可行的。因此，在BMC Research Notes中，Boyd和同事研究了这种新方法如何使用冷冻细胞。Boyd及其同事比较了新鲜细胞和冷冻样品的CUT&RUN流程，并提出了一个名为ssvQC的R包，用于质量控制和来自这项技术的数据质量对比。研究人员发现，冷冻样本是对组蛋白标记（H3K4me3）和转录因子（Ikaros）进行CUT&RUN的良好起点。

4.代谢综合征患者的咳嗽过敏反应：临床表现及其可能的机制

期刊：BMC Pulmonary Medicine

标题：Cough hypersensitivity in patients with metabolic syndrome: a clinical finding and its possible mechanisms

DOI：10.1186/s12890-021-01652-x

过敏性咳嗽的特点是由低热、机械或化学暴露引起的令人头痛的咳嗽。多年来，都没有一个术语来描述这种没有明显临床解释的咳嗽，但这种情况现在被命名为咳嗽过敏综合征（Cough Hypersensitivity Syndrome），给了患者一个令人安心的常见诊断。我们需要更好地了解咳嗽超敏反应的危险因素和病理生理机制，以确定新的治疗方向。

在这篇论文中，Cheng等人研究了辣椒素诱发的咳嗽——辣椒素是一种从辣椒中提取的化学刺激物。研究人员将代谢综合征患者与健康对照组进行了比较。代谢综合征是指同时患有糖尿病、高血压和肥胖症的患者。有趣的是，与对照组相比，代谢综合征患者对辣椒素引起的咳嗽更敏感。研究人员进一步证明代谢综合征患者辣椒素诱发的咳嗽敏感性增高与睡眠呼吸暂停和胃食管反流密切相关，并推测呼吸道炎症可能在辣椒素诱发咳嗽敏感性增高的发病机制中发挥了作用。

5.头痛和偏头痛临床实践指南：补充和替代医学建议的系统回顾和评估

期刊：BMC Complementary Medicine and Therapies

标题：Headache and migraine clinical practice guidelines: a systematic review and assessment of complementary and alternative medicine recommendations

DOI:10.1186/s12906-021-03401-3

头痛，包括偏头痛，是全世界最常见的疾病之一。根据世界卫生组织的数据，近一半的成年人在过去一年中至少经历过一次头痛。据报道，许多补充和替代药物（CAMs）有助于治疗和管理头痛疾病，但它们确实具有临床上有益的效果吗？

在 BMC Complementary Medicine and Therapies 中，研究人员根据临床实践指南（CPGs）调查了头痛疾病背景下补充和替代药物的数量及质量。临床实践指南描述了用于帮助医生决定如何护理患有特定疾病的人的说明。Ng和Hanna检索了2009年至2020年间发表的文献，以确定用于治疗和管理头痛和偏头痛疾病的临床实践指南。

在描述头痛疾病术语的486个搜索结果中，21个包含临床实践指南的搜索结果符合条件并进行了质量评估。有15个临床实践指南提到了补充和替代药物，其中13个临床实践指南提出了补充和替代药物建议。这些发现有助于改善患者与医疗专业人员之间关于使用CAMs疗法治疗/管理头痛和偏头痛疾病的沟通。