复旦大学余宏杰课题组博士招生和博士后招聘启事

一、课题组PI

1．简介

余宏杰，复旦大学公共卫生学院教授，博士生导师，公共卫生安全教育部重点实验室主任，上海市重大传染病和生物安全研究院副院长。

其研究领域主要是针对严重威胁全球公共卫生安全和我国人民健康的新发、重大传染病，包括新型冠状病毒肺炎、新型人感染动物源性流感、季节性流感、呼吸道合胞病毒感染、麻疹、手足口病、登革热等，以往主要运用经典流行病学、传染病学、病原微生物学、免疫学、宿主和病原遗传学、卫生经济学、现代统计学、地理信息学和生态学等多学科交叉技术，研究其传播动力学、流行病学参数、疾病负担、干预措施和临床管理的评价，以及疫苗的效力、效果、安全性和卫生经济学评价等。近年在传染病研究领域拓宽了以往的边界，重点开展新兴跨学科的交叉研究，包括传染病系统免疫学、病毒基因组系统进化动力学、基于定位大数据的人群接触与移动模式、新发传染病的传播动力学和复杂建模、宿主病毒排出和免疫应答规律，及抗原性和基因变异与进化预测等。

目前兼任WHO免疫策略专家咨询委员会（SAGE）专家组轮值成员。获国家自然基金委“杰出青年基金”资助、教育部“长江学者特聘教授”、中组部“万人计划科技创新领军人才”、国务院“政府专家特殊津贴”、国家卫计委“突出贡献中青年专家”、“吴阶平-保罗杨森医学药学奖”、“树兰医学青年奖”、人社部“国家百千万人才工程”、科技部“中青年科技创新领军人才”和上海市科委“上海市优秀学术带头人计划”。此外，他还担任 Emerging Microbes and Infections, Infectious Diseases of Poverty, BMC Infectious Diseases, Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine & Hygiene, Global Transitions, China CDC Weekly 的编委，并长期担任 Science, Nature, Lancet, JAMA, BMJ, Lancet 系列子刊和 Nature系列子刊等30余种国际期刊的审稿人。

2．论文发表

在国际期刊上发表 SCI 英文论文>270篇，IF 计3,720，其中以第一作者或通讯作者（含并列）发表 SCI 论文183篇，IF 合计2,524，其中IF >10为49篇，包括 Science 3篇、Lancet 5篇、New England Journal of Medicine 1篇、BMJ 3篇、Nature Medicine 1篇、Nature Genetics 1篇、Nature Microbiology 1篇、Nature Human Behaviour 1篇、Nature Communications 9篇、Cell Research 1篇、Science Advances 1篇、PNAS 1篇、PLoS Medicine 4篇、Lancet Infectious Diseases 7篇、Lancet Microbe 2篇、Lancet Global Health 1篇、Lancet Public Health 1篇、Lancet Child & Adolescent Health 1篇、Lancet Healthy Longev 1篇。24篇同期配发专家述评，20篇以 Fast track 发表。Google Scholar 总引用46,089次，h-index 84；25篇 ESI 高被引论文。

入选科睿唯安2020、2022、2023和2024年度全球高被引科学家、爱思唯尔2021、2022和2023年“中国高被引学者”、全球前2%顶尖科学家榜单中的终身科学影响力排行榜（1960-2021）及2021、2022和2023年度科学影响力排行榜（Stanford University）。

3．承担课题

2010年以来，作为负责人承担各类科研项目30余项，包括国家自然科学基金委“杰出青年基金”、重点项目、面上项目、国家科技传染病重大专项、科技支撑计划、国家卫生计生委行业专项、上海市科技重大专项，以及WHO、美国NIH、美国CDC、英国NIHR和李嘉诚全球卫生基金会等国际机构资助的科研课题。

4．科研获奖

获国家科学技术进步奖特等奖（第九完成人）、北京市科技进步一、二、三等奖（均为第一完成人），教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）科技进步奖二等奖（第一完成人）、中华医学科技奖二等奖（第一完成人），华夏医学科技奖科学技术奖二等奖（第一完成人）。

二、研究方向

1．传染病系统免疫学

随着病原体特异性免疫检测技术和复杂计算科学的快速发展，系统免疫学在全景式解析人群和个体免疫力形成及复杂演变规律中的重要性日益凸显。余宏杰课题组研究方向之一是传染病系统免疫学，通过综合利用现场调查、免疫学、计算生物学、数学和血清免疫学检测技术，对多源、高维、跨尺度的流行病学和免疫力数据进行耦合与重构，开展全人群、全生命周期的病原体特异性免疫应答水平及动态变化机制的研究。

余宏杰团队在此领域已开展了系列前沿研究，如定量评估儿童自出生起的肠道病毒EV-A71/CV-A16母传和自然感染诱导抗体动态变化（Lancet Infectious Diseases, 2020; Nature communications, 2022），揭示母亲甲型H1N1流感病毒毒株特异性抗体跨胎盘传输给新生儿后的动态变化规律和毒株间交叉免疫力（Lancet Microbe, 2023），阐明麻疹母传/疫苗诱导免疫应答机制（Nature Microbiology, 2025; Nature Communications, 2023）和人群呼吸道合胞病毒特异性免疫水平（Clinical Microbiology and Infection, 2024）。代表性成果：

1.      Wang W, O'Driscoll M, Wang Q, Zhao S, Salje H*, Yu H*. Dynamics of measles immunity from birth and following vaccination. Nat Microbiol. 2024;9(7):1676-1685.

2.      Li M†, Wang W†, Chen J†, Zhan Z, Xu M, Liu N, Ren L, You L, Zheng W, Shi H, Zhao Z, Huang C, Chen X, Zheng N, Lu W, Zhou X, Zhou J, Liao Q, Yang J, Jit M, Salje H, Yu H*. The transplacental transfer efficiency of maternal antibodies against influenza A(H1N1)pdm09 virus, and dynamics of naturally acquired antibodies in Chinese children: A longitudinal, paired mother–neonate cohort study. Lancet Microbe. 2023; 4(11):e893-e902.

3.      Wang Q†, Wang W†, Winter AK†, Zhan Z†, Ajelli M, Trentini F, Wang L, Li F, Yang J, Xiang X, Liao Q, Zhou J, Guo J, Yan X, Liu N, Metcalf CJE, Grenfell BT, Yu H*. Long-term measles antibody profiles following different vaccine schedules in China, a longitudinal study. Nat Commun. 2023; 14(1):1746.

4.      Yang J†, Liao Q†, Luo K†, Liu F†, Zhou Y†, Zou G†, Huang W, Yu S, Wei X, Zhou J, Dai B, Qiu Q, Altmeyer R, Hu H, Paireau J, Luo L, Gao L, Nikolay B, Hu S, Xing W, Wu P, van Doorn HR, Horby PW, Simmonds P, Leung GM, Cowling BJ, Cauchemez S, Yu H*. Seroepidemiology of children with enterovirus A71 infections in southern China: longitudinal, population-based cohort studies, 2013-2018. Nat Commun. 2022; 13(1):7280.

5.      Wei X†, Yang J†, Gao L†, Wang L†, Liao Q†, Qiu Q, Luo K, Yu S, Zhou Y, Liu F, Chen Q, Zhang J, Dai B, Yang H, Zhou J, Xing W, Chen X, He M, Ren L, Guo J, Luo L, Wu P, Chen Z, van Doorn HR, Cauchemez S, Cowling BJ, Yu H*. The transfer and decay of maternal antibodies against enterovirus A71, and dynamics of antibodies due to later natural infections in Chinese infants: a longitudinal, paired mother-neonate cohort study. Lancet Infect Dis. 2021;21(3):418-426.

2．病毒基因组系统进化动力学

结合系统发育学、系统进化动力学、流行病学和地理学等多学科交叉技术，整合基因序列、病毒学监测、人群移动等多源数据，从宿主内和宿主间多维视角，开展传染病暴发的时空溯源和时空传播动态研究。余宏杰团队在此领域已开展了系列前沿研究，如定量评估新冠病毒的全球基因网络和基因数据共享（Nature Genetics, 2022），汇总开展系统进化动力学研究的方法学进展（Lancet Microbe, 2023），揭示季节性流感在全球（Science, 2024）和东南区地区（Nature Communications, 2025）的传播动态。代表性成果：

1.      Chen Z, Tsui JL, Gutierrez B, Busch-Moreno S, du Plessis L, Deng X, Cai J, Bajaj S, Suchard MA, Pybus OG*, Lemey P*, Kraemer MUG*, Yu H*. COVID-19 pandemic interventions reshaped the global dispersal of seasonal influenza viruses. Science. 2024.

2.      Chen Z, Lemey P, Yu H*. Approaches and challenges to inferring the geographical source of infectious disease outbreaks using genomic data. Lancet Microbe. 2024; 5(1):e81-e92.

3.      Chen Z, Azman AS, Chen X, Zou J, Tian Y, Sun R, Xu X, Wu Y, Lu W, Ge S, Zhao Z, Yang J, Leung DT, Domman DB, Yu H*. Global landscape of SARS-CoV-2 genomic surveillance and data sharing. Nat Genet. 2022; 54(4):499-507.

3．基于定位大数据的人群接触与移动模式

基于现场调查、手机信令数据、航空网络等高精度人群时空数据，运用复杂网络、行为科学、计算机模拟、空间计算等多学科交叉技术，准确刻画人群社会接触和移动模式。通过构建群体或个体水平传播动力学模型，揭示人群接触模式、移动模式与传染病时空传播的相互作用机制，评估药物性和非药物性干预措施效果，指导疫情预警和疫苗精准使用。代表性成果：

1.      Zhang J, Litvinova M, Liang Y, Wang Y, Wang W, Zhao S, Wu Q, Merler S, Viboud C, Vespignani A, Ajelli M*, Yu H*. Changes in contact patterns shape the dynamics of the COVID-19 outbreak in China. Science. 2020; 368 (6498): 1481-1486.

2.      Zhang J, Litvinova M, Liang Y, Zheng W, Shi H, Vespignani A, Viboud C, Ajelli M*, Yu H*. The impact of relaxing interventions on human contact patterns and SARS-CoV-2 transmission in China. Science Advances. 2021; 7(19): eabe2584.

3.      Zhang J†, Tan S†, Peng C, Xu X, Wang M, Lu W, Wu Y, Sai B, Cai M, Kummer A. G, Chen Z, Zou J, Li W, Zheng W, Liang Y, Zhao Y, Vespignani A, Ajelli M, Lu X*, Yu H*. Heterogeneous changes in mobility in response to the SARS-CoV-2 Omicron BA.2 outbreak in Shanghai. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2023, 120(42): e2306710120.

4．新发传染病的传播动力学和复杂建模

构建数学模型、复杂网络模型等技术，耦合人群接触、人群移动、病毒学监测、免疫、地理环境气候等因素，对传染病暴发和流行的发生、发展、演化过程进行流行病学分析和建模，研究其流行病学特征、传播动力学参数和干预措施效果；采用时间序列分析、人口动态理论、遥感、地理信息技术、空间统计和生态位模型等技术，研究人类、动物、疾病（病原体）、媒介、社会经济、自然环境等相互作用关系。代表性成果：

1.      Sun K†, *, Wang W†, Gao L†, Wang Y, Luo K, Ren L, Zhan Z, Chen X, Zhao S, Huang Y, Sun Q, Liu Z, Litvinova M, Vespignani A, Ajelli M, Viboud C, Yu H*. Transmission heterogeneities, kinetics, and controllability of SARS-CoV-2. Science. 2021;371(6526): eabe2424.

2.      Cai J†, Deng X†, Yang J†, Sun K, Liu H, Chen Z, Peng C, Chen X, Wu Q, Zou J, Sun R, Zheng W, Zhao Z, Lu W, Liang Y, Zhou X, Ajelli M, Yu H*. Modeling transmission of SARS-CoV-2 Omicron in China. Nat Med. 2022 Jul;28(7):1468-1475.

3.      Yang J†, Marziano V†, Deng X, Guzzetta G, Zhang J, Trentini F, Cai J, Poletti P, Zheng W, Wang W, Wu Q, Zhao Z, Dong K, Zhong G, Viboud C, Merler S, Ajelli M*, Yu H*. Despite vaccination, China will have to maintain non-pharmaceutical interventions to prevent widespread outbreaks of COVID-19 in 2021. Nat Hum Behav. 2021 2021;5(8):1009-1020.

4.      Hu S†, Wang W†, Wang Y†, Litvinova M†, Luo K, Ren L, Sun Q, Chen X, Zeng G, Li J, Liang L, Deng Z, Zheng W, Li M, Yang H, Guo J, Wang K, Chen X, Liu Z, Yan H, Shi H, Chen Z, Zhou Y, Sun K, Vespignani A, Viboud C, Gao L*, Ajelli M*, Yu H*. Infectivity, susceptibility, and risk factors associated with SARS-CoV-2 transmission under intensive contact tracing in Hunan, China. Nat Commun. 2021;12(1):1533.

5.      Oidtman RJ, Lai S, Huang Z, Yang J, Siraj AS, Reiner RC, Tatem AJ, Perkins TA*, Yu H*. Inter-annual variation in seasonal dengue epidemics driven by multiple interacting factors in Guangzhou, China. Nat Commun. 2019; 10:1148.

6.      Wu JT†, *, Jit M†, Zheng Y†, Leung K, Xing W, Yang J, Liao Q, Cowling BJ, Yang B, Lau EHY, Takahashi S, Farrar JJ, Grenfell BT, Leung GM, and Yu H*. Routine pediatric enterovirus 71 vaccination in China: a cost-effectiveness analysis. PLoS Med. 2016; 13(3): e1001975.

7.      Takahashi S, Liao Q, Boechel TPV, Xing W, Sun J, Hsiao VY, Metcalf CJE, Chang Z, Liu F, Zhang J, Wu JT, Cowling BJ, Leung GM, Farrar JJ, van Doom HR, Grenfell BT*, and Yu H*. Hand, foot, and mouth disease in China: modelling epidemic dynamics of enterovirus serotypes and implications for vaccination. PLoS Med. 2016; 13(2): e1001958.

8.      Gilbert M*, Golding N*, Zhou H, Wint GR, Robinson TP, Tatem AJ, Lai S, Zhou S, Jiang H, Guo D, Huang Z, Messina JP, Xiao X, Linard C, Van Boeckel TP, Martin V, Bhatt S, Gething PW, Farrar JJ, Hay SI, and Yu H*. Predicting the risk of avian influenza A H7N9 infection in live-poultry markets across Asia. Nat Commun. 2014; 5: 4116.

9.      Yu H†, Wu JT†, Cowling BJ*, Liao Q, Fang VJ, Zhou S, Wu P, Zhou H, Lau EH, Guo D, Ni MY, Peng Z, Feng L, Jiang H, Luo H, Li Q, Feng Z, Wang Y, Yang W*, and Leung GM. Effect of closure of live poultry markets on poultry-to-person transmission of avian influenza A H7N9 virus: an ecological study. Lancet. 2014; 383 (9916): 541-8.

10.   Yu H, Alonso WJ, Feng L, Tan Y, Shu Y, Yang W*, and Viboud C*. Characterization of Regional Influenza Seasonality Patterns in China and Implications for Vaccination Strategies: Spatio-Temporal Modelling of Surveillance Data. PLoS Med. 2013; 10 (11): e1001552.

5．宿主病毒排出和免疫应答规律，及抗原性和基因变异与进化预测

病毒在个体和人群中的感染、致病和传播，及其变异与进化是病原体和宿主免疫系统相互作用的结果。余宏杰课题组通过建立基于医院的病例队列和基于社区的一般人群队列，综合运用病毒学、免疫学、生物信息学和计算生物学等实验技术和分析方法，在个体和群体层面研究宿主的病毒排出和免疫应答规律和机制，并解析其与病毒的感染、致病、传播和进化的相互作用关系，进而对病毒的抗原性和基因变异与进化进行预测。代表性成果：

1.      You L†, Chen J†, Cheng Y , Li Y, Chen Y, Ying T, Turtle L, Yu H*. Antibody signatures in hospitalized hand, foot and mouth disease patients with acute enterovirus A71 infection. PLoS Pathog. 2023; 19(6):e1011420.

2.      Qiu Q†, Zhou J†, Cheng Y†, Zhou Y, Liang L, Cui P, Xue Y, Wang L, Wang K, Wang H, Li P, Chen J, Li Y, Turtle L§, Yu H*§. Kinetics of the neutralising antibody response in patients with hand, foot, and mouth disease caused by EV-A71: A longitudinal cohort study in Zhengzhou during 2017-2019. EBioMedicine. 2021; 68:103398.

3.      Song C†, Li Y†, Zhou Y†, Liang L†, Turtle L, Wang F, Wu P, Qiu Q, Yang J, Wang K, Cui P, Cheng Y, Zhang T, Guo C, Zeng M, Long L, Peiris M, Zhou C*§, Cowling BJ§, Yu H*§. Enterovirus genomic load and disease severity among children hospitalised with hand, foot and mouth disease. EBioMedicine. 2020; 62:103078.

4.      Gao L†, Zou G†, Liao Q†, Zhou Y†, Liu F, Dai B, Liu J, Chen Z, Xing W, Yang L, Liang H, Zhang Y, Chen Z, Luo L, Li Q, Luo K, Wu P, Mo X, Wang L, Lan K, Horby PW, Cowling BJ, Simmonds P, Altmeyer R, Doorn HR, Yu H*. Spectrum of Enterovirus Serotypes Causing Uncomplicated Hand, Foot, and Mouth Disease and Enteroviral Diagnostic Yield of Different Clinical Samples. Clin Infect Dis. 2018; 67(11):1729-1735.

5.      Zhao M†, Chen J†, Tan S†, Dong T, Jiang H, Zheng J, Quan C, Liao Q, Zhang H, Wang X, Wang Q, Bi Y, Liu F, Feng L, Horby PW, Klenerman P, Gao GF, Liu WJ*, Yu H*. Prolonged evolution of virus-specific memory T cell immunity after severe avian influenza A (H7N9) virus infection. J Virol. 2018; 92(17): e01024-18.

三、博士招生的基本要求

课题组在复旦大学公共卫生学院、上海市重大传染病和生物安全研究院常年招收博士多名，基本要求如下：

1．国内外一流高校和科研院所已经或即将获得硕士学位的、与各研究方向具体要求匹配的优秀学生，具体见博士后招聘的各研究方向的专业与科研训练要求；

2．英文听、说、读、写熟练；

3．作为第一或共同第一作者至少发表过1篇英文SCI论文；

4．善于沟通交流，有良好的团队协助精神，工作勤奋主动，严谨负责。

四、博士后招聘

（一）博士后基本要求

课题组在复旦大学公共卫生学院、上海市重大传染病和生物安全研究院常年招聘博士后多名，基本要求如下：

1．坚持正确政治方向，思想品德端正，品学兼优，身体健康，有科学研究使命感，恪守学术道德；

2．获得博士学位不超过3年，年龄不超过35周岁；应届博士毕业生申请进站时需已满足博士学位论文答辩的基本要求；

3．英文听、说、读、写熟练，在相关专业研究领域以第一作者至少发表1篇高水平SCI论文；

4．有扎实的专业基础，良好的科研素养、科研潜力和团队合作精神，工作勤奋主动，严谨负责，有创新意识，能独立开展相关研究；

5．能保证在站期间全职在校工作，不招收在职人员。

（二）具体研究方向的专业与科研训练要求

1．传染病系统免疫学

（1）精通一门编程语言（如R语言、C语言和Python）；

（2）精通统计建模和贝叶斯建模的基本流程和相关软件操作；

（3）有病原体特异性免疫动态、抗原性分析和建模等科研经验；

（4）有计算生物学、数学、生物统计、数据挖掘等相关学科背景的候选人优先考虑。

2．病毒基因组系统进化动力学

（1）精通一门编程语言；

（2）熟悉测序分析的基本流程和相关软件操作；

（3）有病毒进化等基于病毒基因组开展科研的经验；

（4）有病毒学、病原微生物学、遗传学、生物信息学等相关学科背景的候选人优先考虑；

（5）有湿实验测序、计算生物学等技能的候选人优先考虑。

3．基于定位大数据的人群接触与移动模式，以及

4．新发传染病的传播动力学和复杂建模

（1）至少熟练掌握R, Python, C++等其中一种，精通C++优先；

（2）传染病建模、统计、数学、地理信息、计算机、大数据、人工智能等相关学科交叉研究背景者优先。

5．宿主病毒排出和免疫应答规律，及抗原性和基因变异与进化预测

（1）病原生物学、病毒学和免疫学相关专业背景；

（2）熟练掌握分子生物学、细胞生物学、病毒学、免疫学相关的实验方法和技术。

（三）福利待遇

1．进站博士后由复旦大学统一管理，按照国家和复旦大学博士后人员规定享受相关待遇，按政策缴纳社会保险和住房公积金；根据入选者研究基础与工作完成情况，课题组将提供科研绩效奖励；

2．积极鼓励支持申报复旦大学超级博士后项目、“上海市超级博士后”激励计划、“国家资助博士后研究人员计划”等项目，协助办理上海户籍、申请上海市人才公寓，子女入学入托等按照学校博士后相关政策执行；

3．课题组支持在站博士后申报博士后基金、国家自然科学基金，出站时推荐到国内一流高校和科研院所就业；

4．将选派具有创新学术思维和国际视野的博士后，到已与课题组建立了良好合作关系的牛津大学、剑桥大学、耶鲁大学、伦敦卫生与热带病学院、普林斯顿大学、印第安纳大学、香港大学等院校和科研机构，进行访问研究。

五、招生和应聘材料，及联系方式

有意者于邮件正文简要说明求学或求职意愿，附上详细简历（包括教育经历、工作经历、参与项目经历及完整的学术成果列表等），并附带近期代表性论文等材料（5篇以内）一份（合并成一份PDF）发送至yhj@fudan.edu.cn。

邮件主题请注明“申请者姓名_博士/博士后申请”；申请人需提供2-3名推荐人详细联系信息；初审通过者将安排面试，面试通过者按要求办理入学、进站、入职手续。