药用菌与中药生物技术研究所（下简称“药用菌所”）始建于1973年，经过30多年的建设，已由天麻引种培育技术研究小组，发展成为目前国内外具有一定影响和规模的中药发酵工程技术平台，1995年由原江苏省教育委员会正式授牌并拨专款建设。“药用菌所”是国内为数不多的具有研究、开发药用真菌与真菌药物能力并可从事中药生物制药工作的专业科研机构之一，在中药生物技术方面可谓硕果累累，已获得两个国家中药一类新药“槐耳菌质”与“槐耳冲剂”（颗粒）的新药证书，“槐耳颗粒的研制”科研成果曾获“国家级科学技术进步三等奖”、“国家中医药管理局中医药科学技术进步二等奖”等国家、省部级奖励，取得了较好的经济效益和社会效益。

2009年5月，“药用菌所”与生物制药教研室合署办公，“二块牌子，一套班子”，走上了科研与教学齐头并进发展的道路。先后承担《生物工程》、《生物技术制药》、《生物制药工艺学》、《生物制品分析》、《药用微生物学》、《生物制药综合实验》等课程的本科教学工作。并在学校及学院的支持下，分别于2010年和2011年申报生物制药本科（理科）专业和生物制药本科（中澳合作）专业，并获得国家教育部批准，已于当年招生入读，现有在校本科生约320人。

“药用菌所”组成人员学术背景涉及药学、化学、生物技术等多学科领域，教学及科研设施齐全，仪器设备总值300多万元，具有发酵工程上、中游、生物技术制品质量控制、动物实验和细胞培养等多个专业实验室，面积500多平方米，形成了一个集现代生物技术药品教学和研发于一体的完整体系。