本项目组各研究方向均是在原创性复杂系统形式化建模方法（实体语法系统）的基础上，结合中医药原理和复杂性疾病治疗的需要发展起来的。
挖掘中药药性理论的系统科学内涵，发现中药药性组合模式，建立基于药性组合模式的药物设计方法，扩展药性理论的应用。本研究方向强调药性理论应用的模型化。
利用信息技术和人工智能技术，结合生命科学的前沿进展，发展中药作用机理解析的信息系统。此方向强调中药作用机理解析过程的模型化。
HM药物（治愈性药物）设计，兼顾药物对生物系统局部影响和整体影响，兼顾短期作用与长期作用，朝向安全、修复、可治愈疾病的方向设计药物、营养体系。此方向强调药物设计的模型化。
针对药物与营养的个体化需求，发展智能化制造的理论、设备与系统，建立示范性工程应用。此方向强调模型的硬件化。
不同的研究方向，都是在实体语法系统基础上实现具体领域的模型化，最终通过模型的硬件化，为人工智能系统的设计与开发提供核心理论和基础部件。