现今传染病仍时刻威胁人类健康，我们课题组面向细菌感染性疾病，发展并运用高通量蛋白质组学策略研究病原菌致病的分子机制。我们重点关注一类具有特殊分泌系统的革兰氏阴性致病菌，如引起肠炎的鼠伤寒沙门氏菌。沙门氏菌可侵染非吞噬性细胞（如肠上皮细胞），进而在宿主细胞内存活并增殖。这类病原菌的致病力（或称毒力）通常严格依赖于细菌表面一种类似注射器的超分子结构-三型分泌系统。在感染过程中细菌可通过该装置在宿主质膜上打孔进而将毒力蛋白（或称效应蛋白）直接转运至宿主胞内，从而介导病原菌感染中的一些重要生理、生化过程。这些效应蛋白通常靶向特定的宿主因子，通过精准调控宿主靶标的生物学功能最终实现逃逸免疫应答并促进细菌感染和体内增殖的目的。我们以生物质谱为核心，围绕人类重要致病菌与宿主互作的分子机制，主要取得了以下重要进展：

1. 发展深度胞内菌定量蛋白质组技术并阐明了病原菌适应宿主的分子机制。

2. 建立高精度质谱解析方法并破译了一系列细菌毒力因子催化的全新蛋白质修饰。