实验室将以宏基因组方法开发（图1）为立足点，解析人体基因组、菌群与食品营养三者的互作关系（图2），为综合利用功能食品和肠道菌群提升人类健康而努力。

图1. 宏基因组研究方法开发。(A) 宏基因组分析流程开发和优化：宏基因组领域现有的方法仍然处于初级阶段，需要不断地进行改进和创新。扩增子已经有3套引用过万的成熟流程，目前仍缺少标准化的宏基因组分析和可视化流程，开展相关工作有利于全面推动本领域发展并争夺国际制高点。(B) 去宿主实验和分析方法开发：动植物和食品微生物组研究，都会受到大量宿主污染的困扰，解决高宿主含量样本微生物富集去宿主的卡脖子问题，将极大拓展宏基因组研究的应用和发展。(C) 多组学整合分析方法开发：之前的研究以单一组学为主，正在向多组学整合转变，开发和优化多组学整合分析方法将更好地还原微生物组的全貌，发现生物学规律的真相，更准确地回答科学问题。

图2. 人体基因组、菌群与食品营养的关系。(A) 菌群影响人类健康的关键物种和基因：近年的研究表明肠道微生物组可能通过其代谢分子影响人类健康，解码微生物基因组对揭示其潜在的功能非常重要。过去10年，全球已发表上万个肠道宏基因组测序样本，以及挖掘的20余万个宏基因组组装基因组(MAG)，为一些功能菌的挖掘、变化规律的验证提供了一定的数据基础。但这些数据目前仍停留在数据阶段，绝大多数的功能未知，需要更系统的数据库组织形式、进一步地挖掘和新方法的出现来解析其中的功能微生物和基因。(B) 食品营养协同肠道菌群改善人类健康：重点关注微生物对食品对人类健康的改善，以便更好理解微生物组在人类营养和健康中的作用，并开功能食品，从而推动基于肠道菌群的精准食品营养学发展，改善人类健康。