转化医学研究院拥有实验室使用面积近2000 m²，下设三大研究方向：骨代谢机制与生物材料研究、药物靶点研究和药物发现、代谢与运动康复研究，通过院校合作、校企合作、医工合作等多种形式，促进临床新药物、新技术、新装备等方面的科技研发与成果转化，打造从基础到临床、从科研到产品的医疗技术研发与转化平台。转化医学研究院下设七个研究中心，包括骨与关节研究中心，化学生物学前沿研究中心，衰老医学研究中心，生物材料与再生医学中心，精准代谢组学研究中心，中医药大健康研究中心和医用植入物研究中心；具备六个检测平台，包括模式动物平台，细胞研究平台，合成生物学平台，组织工程与生物力学平台，分子生物学平台和分析测试平台，自行拥有骨骼肌肉的生物力学分析设备、骨显微microCT分析仪、硬组织切片、骨形态计量分析仪、多功能步态分析仪、多功能酶标仪、共聚焦显微镜、扫描电镜、流式细胞仪、活细胞平台、小动物成像仪、飞行时间质谱、三重四极杆质谱、分析液相、制备液相和微波多肽合成仪等仪器设备；积极与医疗机构合作，建立了三家临床医学中心：上海大学转化医学研究院温州临床医学中心、中冶临床医学中心和罗店临床医学中心。已经建成从靶点发现、药物设计、筛选、成药性评价到临床前研究，以及临床评价的完整新材料和新药物创新研发平台。