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• 从左至右，依次有原子编号，原子名，残基名，链名，残基号，原子坐标，occupancy，B-factor，元素名，segment name；

GUI操作

• 鼠标左键：rotate；中键：move；右键：zoom；
• file >> save session, 保存文件为pse或psw格式，可保存设置的各种效果，但无法再编辑；
• H>>hydrogens>>all/nonpolar #隐藏所有/非极性氢原子；
• 选定原子后，鼠标点击S可改变显示模式，H可隐藏显示模式，C可改变显示颜色
   

命令行操作

主要包括选择命令、显示/隐藏命令、颜色命令、标签命令、设置命令、图像输出设置命令等。

select命令

select 变量名,选择的原子 #变量名可以是任意的字母或数字组合,select命令可简写为sele;
如何选择原子呢？属性选择符有segi（segment），chain（链），resn（残基名），resi（残基号），name（原子名），symbol（元素符号）。逻辑运算符有 and 或者 & （和）、or （或）、not（非）。

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select ligand,segi lig ##选择segment为lig的所有原子，赋给变量ligand；
select alian,chain a ##选择A链的所有原子，赋给变量alian；
select aspglu,resn asp+glu ##选择残基名为ASP和GLU的所有原子，赋给变量aspglu；单个的残基名或残基号间需用+号，不能加空格；
select Y24,resi 24
select loop, resi 21-29 #选择残基号21到29的所有残基，赋给loop；
select Y24-OH,resi 24 and name OH #选择24号残基中的原子名为OH的原子，赋给变量Y24-OH;
select Y24E27,resi 24 or resi 27 #选择24号残基和27残基；
select site, not resi 100-200 #除100到200号残基外的所有残基；

另外还有稍复杂点的运算符 around，expand，within x of ，byres ，neighbor；

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select coor,name fe around 4 #选择铁原子周围4埃内的所有原子（不包括铁原子）；s1 around x；
select coor,subs expand 4 #选择变量subs周围4埃内的所有原子（包含subs）；s1 expand x；
select Y24,byres resi 24 and name OH #扩充s1到残基; by s1;
select key,neighbor s1 #选择直接以化学键连接s1的原子，赋给变量key；

show命令：显示一种或多种模式

show 显示形式，变量 #也可以不用提前创建变量，直接在这里选择原子`
常用显示形式有lines，sticks，cartoon，ribbon，sphere，surface，mesh

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show sticks,Y24  #显示变量为Y24的所有原子为棍棒形；
show sphere, name fe #显示铁原子为球形；（set sphere_scale,0.4 #设置球形大小，0.4在显示的图形中大小正好）
show cartoon     #可以不加操作对象，默认操作所有原子；

hide命令：操作同show

由于PyMol没有撤销命令，显示命令操作后无法撤销，若之前操作将Y24显示为棍形，现在又不想显示它，可以输入命令hide sticks,Y24

color命令：着色

color 颜色，变量

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color green  #整个蛋白着色为绿色；
color red, ss h      #α螺旋着色，ss表示二级结构，h表示helix
color red, ss s       #β片着色；s表示sheet
color blue,ss l+"   #loop着色；
color grey, elem c  #所有碳原子着色为灰色；
bg_color white #背景色设置命令,也可以设置成其他颜色，白色最常用好看；

label命令

label [selection,[expression]] #selection为选择的原子或对应的变量名，expression为显示的标签文字；

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label resi 24 and name OH,"T24"  #在24号残基的OH原子附近标记为T24；
再输入label resi 24 and name OH,"" 可清除标签T24；
label  #当有标签存在时，输入label可清除所有标签；

标签设置

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set label_color,color_name,selection #设置标签颜色
set label_outline_color,color_name,[selection] #设置标签文字的轮廓的颜色
set label_font_id,5 #PyMol内置12中字体，编号从5到16；
set label_size,20  #设置字体大小；
set label_position,(x,y,z)  #设置label位置，（x，y，z）为离默认位置的三维偏移值；  

添加或删除键

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bond atom1,atom2  #可提前定义变量atom1和atom2，也可以在这里直接输入选择；
unbond atom1,atom2 #删除键
set stick_radius=0.15  #改变sticks显示半径；
添加虚键（测量原子间距离）
distance dist1,atom1,atom2 #distance可简写为dist；

虚键设置

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set dash_length,0.015 #每截虚线的长度
set dash_radius,0.015 #虚线的圆柱截面半径
set dash_gap,0.6      #虚线间隔
set dash_color,grey  #虚线颜色

叠合命令Align

align source,target #source对象会被移动旋转来叠合到target对象上；

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Align mol1 & resi N1, mol2 & resi N2   #按某一个残基叠合；
Align prot1 and chain A, prot2 and chain B   #按整条链叠合；
Align mol1 & resi n1-n2 & name n+ca+c+o, mol2 & resi n3-n4 & name n+ca+c+o   #按某段残基的主链进行叠合；

对整个蛋白叠合：鼠标操作：A>>align>>to molecule>>mol2

保存之图片输出

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set ray_shadows,0  #渲染时不显示投影；
ray 3000,3000  #图片像素设置；
png name  #输出name.png图片

动画视频制作

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load xxx.top,mov,format=top      ##pymol要求载入轨迹前要先载入拓扑文件，除非后缀是top，后缀是prmtop的话除非定义一下格式，否则是不认的
load_traj md.mdcrd,mov,format=trj     ##trj后缀得定义一下格式。
save movie as XXX.mpg    ##保存成movie

命令集成

有时我们需要对同一研究体系不同构象作图像显示，或经常打开某一pdb文件，每次输入命令总是太麻烦，为节省时间，可以将所有要操作的命令写到文本文件name.pml中，然后在PyMol命令框中输入@name.pml，就可以执行文本中的命令。

常用命令：

load *.pdb

remove solvent

select str1, resn Cl-

remove str1

align WT_ligs, WT_box_wat_eq3 #后面的是target

alignto WT_ligs #把所有pdb都align到WT_ligs

show sticks, resi 87

set label_size, -1.4

set label_color, black, selection

select selection, resid 84+85+86+94+98+101+151+273+274+278+282+285+336+341+342+345+346+348+418+421+422+423+425+426+430

png image.png, 10cm, dpi=300, ray=1

png image.png, width=3000, height=2400, dpi=300, ray=1

高精度做图命令：

hide

hide labels, agi

show sticks, lig | res  #棒状显示lig和res对象，"|"为逻辑“或”

select 5A， byres ligand around 5 #选取ligand5A范围内残基

hide sticks, h.  #隐藏H原子

zoom lig | res  #居中放大lig和res，其他对象虚化

color wheat, lig & name C*  #将lig的碳原子（以C开头的原子名）设为小麦色

set label_size, 30

set label_font_id, 9

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import center_of_mass

select AGI1, resn AGI & name C2+C3+C4+C5+C6

com AGI1, object=p1

select AGI2, resn AGI & name C7+C8+C9+C10+C11

com AGI2, object=p2

hide everything, p*

show spheres, p*

set sphere_scale, 0.4

hide labels, measure*

set dash_length, 0.3

set dash_radius, 0.08

set dash_gap, 0.3

color green, measure01

color gray70, measure02

bg_color white

show cartoon

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color smudge, lig & name C*

set cartoon_transparency, 0.5

set cartoon_round_helices, 1

set cartoon_fancy_helices, 1

set cartoon_fancy_sheets, 1

set cartoon_color, green, FLS_TPP_DHA & chain A  #设置不同链的cartoon不同颜色

set stick_ball #显示棍棒模型

set stick_ball_ratio, 1.3

set stick_h_scale, 0.8

unset opaque_background   # 设置背景透明，只在ray下有用

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save focus.pse

png label.png

hide labels

png focus.png, 16.93cm, 16.93cm, dpi=300, ray=1

zoom

set cartoon_transparency, 0

png overview.png, 20cm, 18cm, dpi=300, ray=1

save overview.pse

高阶命令：

load candidate.pdb, c_run4

select run4_AGI, c_run4 & resn AGI

sel active_run4, byres c_run4 within 5 of run4_AGI

show sticks, active_run4

show surface, active_run4

show surface, byres c_run4 within 5 of run4_AGI

显示双键：

# In editing mode: select the bond using Ctrl-right-click, then enter:
unbond pk1,pk2
bond pk1,pk2,4
# 1: single bond, 2: double bond, 3:triple bond, 4:delocalized，

...

额外记录一些颜色：

set_color high_lddt_c, [0,0.325490196078431,0.843137254901961 ]
set_color normal_lddt_c, [0.341176470588235,0.792156862745098,0.976470588235294]
set_color medium_lddt_c, [1,0.858823529411765,0.070588235294118]
set_color low_lddt_c, [1,0.494117647058824,0.270588235294118]