Vina是在Autodock4基础上改进的算法，相比autodock4而言，具体优势：准确，并行计算（官网数据）：AutoDock Vina is a new open-source program for drug discovery, molecular docking and virtual screening, offering multi-core capability, high performance and enhanced accuracy and ease of use.
相应参考文献：O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

最近用了Vina做了一次对接，我只对接了几百个化合物，发现这软件，现在还不太智能，比如说前期处理，对接结果处理，我始终认为与典型的mol2或者sdf格式文件相比，PDBQT+dlg格式文件不是很好处理，最近和一个师弟写了几个脚本程序，用来处理Vina对接问题：主要的程序如下：

对接软件：Autdock-Vina （http://vina.scripps.edu/）

PDBQT生成脚本程序：LigPrep.sh or LigPrep.py (shell 和 python，见附件)：可以实现mol2、sdf、PDB、PDBQT等格式文件的虚拟库，转化成Autodock或者Vina需要的单个分子的PDBQT文件，还写了一个插件，自动去除重复分子。

结果处理程序：ARC-1.2.py (Autodock and Vina Result Conversion, python版本，见附件)：实现Dlg文件、单个分子的PDBQT对接结果转化成集成的PDBQT、sdf等格式文件。还可以根据命令提示，提取打分最好的构想及打分，或者排名前十的分子，这对处理大规模虚拟筛选十分关键。

接口程序：Vina-1.4.sh (shell 版本)：主要实现自动对接，只要用这个接口就可以实现，就像商业的软件的按钮操作一样，简单方便~

obabel 软件：我们的脚本需要调用此软件里面的插件来实现功能，关于这个插件，现在自己准备后面的时间来写这段代码。

我下面结合具体例子来说：

1、蛋白受体的处理:
   这个不需要多说了，ADT或者PyRx，都可以生成受体的PDBQT文件（建议），或者就自己手动生成一个（不建议），然后确定盒子中心。按照Vina的输入文件要去制作.cgf文件，例如：
config.cgf
#######################################################
receptor = rec.pdbqt //受体的名称
center_x = -2
center_y = 0            //盒子的质心
center_z = -4
size_x = 30
size_y = 32            //盒子的大小
size_z = 46
exhaustiveness = 20       //计算的复杂度
cpu = 16                       //并行计算
energy_range = 4          //作用能间距等级，这个我到现在也没搞懂{:soso_e154:}
num_modes = 20           //保留构想数目，这个是cluster之后的结果，实际构想可能很多
#######################################################

2、虚拟库小分子文件的准备
首先把虚拟库转化成mol2格式文件（里面包含很多分子），其实这个处理还需注意一些事项，如加氢、电荷、去除自身小分子、离子、无机盐等等，对接前的构想最好是3D构想
然后启动脚本LigPrep.sh，根据提示操作：
###################################################################
# sh LigPrep.sh [option] argument     #
#  Usage: LigPrep.sh prepares autodock input files (PDBQT).
#  Requirement:
# 1.Ensure that molecules in the input file are of 3D prior to preparation.  //需要小分子的3D构象
# 2.Each molecule should have a unique internal name.                           //需要小分子唯一的内部名字
# 3.obabel is in use and its environment varible set.                                //需要安装obabel软件
#  Option:  
# -i input_file (*.sdf, *.mol2, *.pdb, *.pdbqt)
# -o output_directory (default is '__pdbqt_files__')  
# -n Number of molecules to divide into each group
#  (default is 1500)   
# -h display this message
# -help alias of '-h'  
###################################################################

例如：
sh LigPrep.sh -i ***.sdf  (这样就可以生成一个默认的文件夹，里面包含虚拟库的单个小分子的PDBQT格式文件，即可以用于Autodock或者vina进行虚拟筛选)

3、虚拟筛选
启动脚本：vina-1.4.sh
#################################################################
# Usage:       #
#  sh vina-1.4.sh working_direcotry [option]  #
# Option:        #
# --help  display this message   #
# -h  alias of "--help"   #
# Note:        #
# working_directory contains input and output folders.  Receptor file (e.g. receptor.pdbqt ), ligand file(s)
(e.g ligand_01.pdbqt or ligands.mol2 ) and configuration file (e.g config.cfg) must be put in the "input" folder;
all output files (*_out.pdbqt, *.log and *.txt) will be generated in the "output" folder.   
# The hierarchy relationship of the above folders and files can be depicted as follow:    #
# ROOT      
#  |__ Group1  Group2  Group3  ...  vina vina-1.2.sh
#  |__ input     
#  |     \___ *.pdbqt config.cfg   
#  |__ output         
#         \___ *_out.pdbqt *.log *.txt  
#################################################################

这里面要搞清楚程序放的位置关系：

例如：

sh vina-1.4.sh UCSD/ &
这表明  vina-1.4.sh 和vina这2个程序 放在UCSD这个文件外面，UCSD文件里面有个input文件，里面放的是第一步产生的.cfg文件、蛋白的PDBQT文件，以及第二步产生的小分子的PDBQT文件

运行命令，即可筛选~

这样就在input文件夹同级产生output文件夹，里面就是对接结果，有几个文件解释一下：
all.log ： 所有对接进度记录；
all_xtr.txt ：所有对接打分记录
best_xtr.txt ：所有小分子对接打分最好的记录


4、结果分析：
Vina产生的pdbqt文件和Autodock产生的dlg文件，都可以经过我们写的脚本进行处理，实现数据整合，可以用商业软件处理分析、可视化等等

#################################################################
    arc-1.2.py  [option] argument
Usage:
        arc-1.2.py is an Autodock Result Converter that converts autodock (AD4 or vina)
    output file(s) to SDF file(s) via arcing DLG to PDBQT, modifying PDBQT and
    externally-generated SDF. Either an input file or a folder that contains input
    files is required. The output file or folder is optional, and default name is
    used if not specified.
Option:
    -i          [input_file] (*.dlg of AD4, *.pdbqt of vina or *.sdf) or
                [input_directory]
    -o          [output_file] (default is *_out.pdbqt, *_mod.pdbqt or *_mod.sdf) or
                [output_directory]
    -m          [Num]; extract the [Num]th mode/model of each molecule
    --mode      alias of "-m"
    --model     alias of "-m"
    -h          display this message
    --help      alias of "-h"
#################################################################

例子：
python arc-1.2.py -i ***.dlg -o ***.sdf  (对Autodock产生的dlg文件的处理)，sdf文件很多软件都可以打开

python arc-1.2.py -i input_directory -o ***.sdf（对Vina结果进行处理）

除此之外，还可以提取打分最好的分子，排序，等等功能