1. 文本处理: Notepad++, 记事本（Windows自带），写字板（Windows自带）
2. 办公软件：Office(word,excel,Powerpoint),WPS
3. 化学办公：ChemOffice(Chemdraw, Chem3D)
4. 统计作图：Origin,excel,Grathpad,SPSS,MathType,R
5. 文献管理：Endnote, Mendeley, Zotero, NoteExpress, NoteFirst
6. 药物设计：Schrodinger，MOE, Sybyl, Discovery Studio
7. 分子对接：MVD, AutoDock, 药物设计软件中的DOCK模块
8. 晶体结构：Mercury, Diamond
9. 蛋白作图：PyMol, VMD, Chimera
10. 分子动力学：Gromacs, NAMD，Amber

以上为常用工具，其中，每类型的第一个软件为推荐软件。
前面五类中每人必须掌握的其中的一个软件。
后面五类可根据个人方向和兴趣选择学习。