1. 微生物与宿主互作。关注致病疫霉、寄生水霉等致病卵菌引起的番茄晚疫病、鱼水霉病的致病机制和宿主的防御机制，解析了致病卵菌与宿主互作过程中的转录因子、非编码RNA等功能，明确了它们的调控网络。 2. 绿色农/渔药开发。关注传统中药的有效成分，筛选出能作为抑菌药物的候选分子；针对病原菌筛选出其拮抗菌、生防菌等，解析它们的抑菌机制，发现鉴定抑菌分子，并对其改造、优化，开发微生态制剂。 3. 数据挖掘。基于机器学习等方法，从病原菌与宿主互作大量数据中挖掘互作过程中的关键分子，并开发关键分子、标靶的预测方法。