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CRISPR/Cas9技术自问世以来,就显现出其它基因编辑技术无可比拟的优势,现已被广泛应用于基础研究、基因治疗和遗传改良等多个领域。在完成基因编辑后通常需要进行大规模的测序分析来解读突变信息。但是普通的Sanger测序难以解析基因编辑常见的低频突变、嵌合突变以及复杂突变;对多倍体、多样本或多位点分析时,突变分析工作通常需要投入大量的测序费用和分析时间。目前二代测序已越来越多的应用到各种检测分析中,但是复杂的测序文库构建方法以及专业的生物信息学分析限制了二代测序在基因编辑检测领域的应用。
而面向普通生物学实验室开发的Hi-TOM方法只需两步普通PCR即可完成多样本混合测序文库构建,在得到测序数据后,只需要将测序数据上传至Hi-TOM在线分析网站(http://www.hi-tom.net/hi-tom/)就可以解析获得每个样品每个位点的详细突变序列以及对应的基因型信息。文章中以六倍体小麦、人类细胞和水稻样品为例,测试发现Hi-TOM具有极高的灵敏度与准确性。因此,Hi-TOM工具的开发为普通实验室提供了一个简单经济高效的基因编辑突变鉴定策略。目前,Hi-TOM已被生物科技领域的权威综合数据平台OMICtools收录。
Hi-TOM操作流程示意图
Hi-TOM网页分析工具界面
注:目前Hi-TOM已建立快速突变鉴定平台,第一轮PCR产物即可送样测序,不受样品数量限制,5-7天得到详细结果。
请点击这里下载基因编辑突变测序操作指南原图~