1. 基于靶标结构与作用机制的抗病毒药物研究。本研究方向主要基于病毒（HIV、HBV、HCV、FluV和COVID-19等）生命周期的分子生物学过程，针对病毒复制过程的关键酶或蛋白等靶点结构，通过计算机辅助，进行合理药物的设计、合成及抗病毒活性的研究。目前主要开展基于HIV-1逆转录酶的核苷类、非核苷类抑制剂研究；开展基于HIV-1侵入过程病毒gp120吸附抑制剂和辅助受体CCR5拮抗剂研究；开展基于HIV-1转录过程Tat-TAR相互作用抑制剂的研究；整合酶抑制剂研究和多靶点药物研究。同时，开展基于HBV侵入、转录和包装过程的非核苷类抗乙肝病毒抑制剂研究；开展基于流感病毒神经氨酸酶、RNA聚合酶为靶点的抑制剂研究。针对COVID-19开展基于SARS-CoV-2复制过程中的RNA聚合酶和主蛋白酶为靶标的核苷类、共价以及非共价抑制剂的研究。

2. 基于靶标结构、活性片段与药效团模型的抗心脑血管药物、抗痛风药物、抗老年痴呆药物研究。开展基于片段、药效团模型的抗凝血、抗血小板凝聚药物的研究；开展中药川芎活性成分川芎嗪、川芎咔啉碱衍生物的结构修饰及其抗氧化损伤、抗凝血、抗血栓、抗血脂、抗缺血等心脑血管活性研究；开展基于片段、药效团模型的抗痛风药物的研究；开展基于靶标结构的抗老年痴呆药物及抗肿瘤药物研究；

3. 药物活性先导物发现的方法学研究。开展基于优势结构、组合化学新技术、新颖模块化反应、活性筛选新方法的药物先导发现新方法研究。

4. 创新药物的开发与产业化。开展临床未被满足的新产品研发；重点开展具有自主产权的创新药物成药性和产业化研究。