杨丹教授团队的研究涉及有机化学和化学生物学，专注于开发新型分子工具，用于探究生命系统，主要研究集中在以下四个方向：

1）研发小分子探针用于生物体系内活性氧、蛋白、核酸、脂质体的检测和细胞成像

2）设计人工离子传输体

3）开发新型活性药物分子

4）探究生物系统中信号转导过程以及药物靶向蛋白