标题：ACS Chemical Neuroscience | Effect of Different Staining Methods on Brain Cryosections

摘要 （文章亮点概述）

东南大学葛芹玉教授团队在ACS Chemical Neuroscience 发表了与空间转录组脑研究染色方法的研究。

英文原题：

Effect of Different Staining Methods on Brain Cryosections

通讯作者：葛芹玉，东南大学

[背景介绍]

在对大脑进行空间转录组研究时，通常需要对冷冻切片进行染色，以区分细胞类型。染色方法对细胞 RNA 完整性的影响成为微切片空间转录组技术的局限之一。然而，目前还缺乏系统比较不同染色方法对脑组织冰冻切片的预处理效果以及对转录组测序结果的影响。本研究分析了四种不同染色方法对脑组织冷冻切片中 RNA 完整性的影响。随后，通过 RNA-seq 评估了不同染色条件下冷冻切片中 RNA 质量的差异以及对转录组测序结果的影响。研究结果表明，苏木精-伊红（HE）染色对冷冻切片的 RNA 质量影响最大。此外，本研究中提出的自制甲酚紫染色法可代替 HE 染色法，作为脑组织冰冻切片转录组研究的前置染色步骤。

图1. 本研究总流程图 

 [文章总结]

本研究开发的自制甲酚紫染色法具有染色时间短、成本低、RNA 降解少等优点。未来，这种染色方法可广泛应用于脑相关的空间转录组研究。此外，它还有望成为脑科学领域取样前对细胞进行染色的常规步骤。相关论文发表在ACS Chemical Neuroscience上，东南大学博士后周莹为文章的第一作者， 葛芹玉教授为第一通讯作者。

图 2. 相邻大脑切片海马区不同染色方法的比较。A: 大脑冰冻切片的苏木精-伊红（HE）染色。B: 脑冰冻切片的甲基绿-吡咯宁（MGP）染色。C： 脑冰冻切片的尼森（NI）染色。D: 脑冰冻切片的自制甲酚紫染色（Jia）。E： 在自制甲酚紫染色的放大图像中，单个细胞清晰可见。

研究结果表明，不同染色方法对脑组织切片 RNA 完整性的影响存在差异，这可能是影响 RNA-seq 结果基因表达水平的关键因素。本研究提出的自制甲酚紫染色法可替代 HE 染色法，用于转录组研究中脑组织切片的提前染色。HE 染色可能会影响细胞质中的核糖体，导致 RNA 降解和 RNA-seq 结果的改变。本研究开发的自制甲酚紫染色法具有染色时间短、成本低、RNA 降解少等优点。未来，该方法可广泛应用于脑相关单细胞空间转录组研究，有望成为单细胞取样前的常规染色步骤。 

出版信息：

ACS Chemical Neuroscience. 2024, 15, 11, 2243–2252

Publication Date: May 23, 2024

https://doi.org/10.1021/acschemneuro.4c00069

原文链接：

https://doi.org/10.1021/acschemneuro.4c00069