主要围绕创新药物的发现及其成药性开展多学科交叉基础应用研究，具体方向包括：

1.  计算机辅助小分子药物设计与合成：通过药物设计原理、生物信息学和计算机辅助等新技术，用于新机制和新结构的活性分子设计合成和构-效关系研究和成药性预测，并对优选分子进行临床前转化研究。

2.  药物化学生物学：系统建立优化小分子化合物库和筛选技术，利用这些手段来干扰和探索细胞内生物学过程，揭示未知生命活动和生命分子相互作用，推动基于活性小分子信号转导和基因转录研究，实现药物靶标鉴定和先导化合物发现。

3.  药理学：着重于药物和生物活性物质作用的新机制和新靶标的研究，包括应用化学小分子研究疾病的病理机制及其药物作用的新分子机制和新靶标等，以及新动物模型，精准干预，克服耐药策略与手段，基于系统生物学，表观遗传学和生物信息学的新靶标，新药和组合用药新策略等的深入研究。

4.  结构生物学：利用生物物理手段，结合可药靶标，开展分子克隆、蛋白表达纯化，结合基于片段的药物设计，开展具有生物活性小分子的发现及小分子和蛋白共结晶方面的研究工作。