1. 生物大分子pKa的预测

2. 恒定pH分子动力学(CpHMD)方法和软件的开发

Particle mesh Ewald based explicit-solvent CpHMD since CHARMM c42 (www.charmm.org)

Generalized Born based implicit-solvent CpHMD since AMBER 2018 (http://ambermd.org)

3. 质子耦合的膜蛋白和酶分子机制研究

4.多尺度诱导偶极模型和分子动力学软件的开发

5. 细胞离子通道随机开关模型和细胞信号机制研究