在这项工作中，我们解析了II类拟南芥光修复酶（Arabidopsis thaliana photolyase, AtPL）中Trp-Tyr四连体光还原过程的九个基本步骤的电子转移和质子转移速率、驱动力及重组能。我们发现，区别于I类PL中Trp三联体之间还原电位递减驱动单向电子流的情况，AtPL中Wa与Wb的电子转移能量不利，导致II类AtPL的光还原量子产率（约34%）低于I类PL（约45%）。这一工作引出了光修复酶和隐花色素中不同光还原网络的进化差异问题。