科研项目

1. 转录因子LeuO激活适应性免疫系统CRISPR/Cas防御大肠杆菌自然转化的机制，国家自然科学基金面上项目，2022-2025

2. StpA 调控自然感受态大肠杆菌中CRISPR/Cas 系统的机制研究，国家自然科学基金面上项目，2017-2020

3. 多粘类芽孢杆菌IV型DNA限制修饰系统机制研究，国家自然科学基金青年项目，2023-2025

4. 质粒双链DNA转移导致细菌耐药的分子基础和调控机制，国家自然科学基金青年项目，2012-2014

5. 新型兽药研制及耐药性控制技术研发—动物源细菌耐药性检测与控制技术研究开发，浙江省重点研发计划课题，2020-2022

6. 多粘类芽孢杆菌IV型DNA限制修饰系统机制研究，浙江省自然科学基金委，2022-2024

7. 多粘菌素生产菌多粘类芽孢杆菌C12遗传重组机制研究，浙江省自然科学基金委，2016-2018

8. 抗性基因转移导致细菌耐药的防控研究，浙江省自然科学基金委，2011-2013

发表论文

1. Mao C, Zheng H, Chen Y, Yuan P, Sun D*, (2024) Development of a type I-E CRISPR-based programmable repression system for fine-tuning metabolic flux towards D-pantothenic acid in Bacillus subtilis. ACS Synth Biol. 13(8):2480-2491. doi: 10.1021/acssynbio.4c00256. （研究生一作）

2. Fang M, Zhang R, Wang C, Liu Z, Fei M, Tang B, Yang H, Sun D*, (2024) Engineering probiotic Escherichia coli Nissle 1917 to block transfer of multiple antibiotic resistance genes by exploiting a type I CRISPR-Cas system. Appl Env Microbiol. 10:e0081124.（研究生一作）

3. Yuan P*, Chen Z, Xu M, Cai W, Liu Z, Sun D*. (2023) Microbial cell factories using Paenibacillus: status and perspectives. Crit Rev Biotechnol.  17:1-17. doi: 10.1080/07388551.2023.2289342.（博士后一作）

4. Fang M, Li N, Fei M, Lu Y, Yu M, Sun D*.  (2023) LrhA promotes CRISPR-Cas immunity by promoting reciprocal interplay between interference and primed adaptation in Escherichia coli. bioRxiv 2023.08.14.552655; doi: https://doi.org/10.1101/2023.08.14.552655 （研究生一作）

5. Yuan P*, Xu M, Mao C, Zheng H, Sun D*.  (2023) Dynamically regulating glucose uptake to reduce overflow metabolism with a quorum-sensing circuit for efficient synthesis of D-pantothenic acid in Bacillus subtilis. ACS Synth Biol. 12(10):2983-2995. doi: 10.1021/acssynbio.3c00315. （博士后一作）

6. Yu M, Hu S, Tang B, Yang H, Sun D*. (2023) Engineering Escherichia coli Nissle 1917 as a microbial chassis for therapeutic and industrial applications. Biotechnol Adv.  Jun 19:108202. doi: 10.1016/j.biotechadv.2023.108202. Epub ahead of print. PMID: 37343690.（研究生一作）

7. Sun D*, Sun X*, Hu Y* and Yamaichi Y* (2023) Editorial: Horizontal gene transfer mediated bacterial antibiotic resistance, volume II. Front. Microbiol. 14:1221606. doi: 10.3389/fmicb.2023.1221606

8. Hu S, Fei M, Fu B, Yu M, Yuan P, Tang B, Yang H. Sun D*. 2023. Development of probiotic E. coli Nissle 1917 for β‑alanine production by using protein and metabolic engineering. Appl Microbiol Biotechnol. 107:2277-2288. DOI：10.1007/s00253-023-12477-5)（研究生一作）

9. Chen Z, Shen M, Mao C, Wang C, Yuan P, Wang T, Sun D*. 2021. A type I restriction modification system influences genomic evolution driven by horizontal gene transfer in Paenibacillus polymyxa. Front Microbiol. 12: 709571. DOI：10.3389/fmicb.2021.709571（研究生一作）

10. Fei M，Mao X，Chen Y，Lu Y，Wang L，Yang J，Qiu J，Sun D*. 2020. Development of a dual-fluorescence reporter system for high-throughput screening of L-aspartate-a-decarboxylase. Acta Bioch Bioph Sin 52(12):1420-1426. DOI: 10.1093/abbs/gmaa134 （研究生一作）

11. Sun D, Mao X, Fei M, Chen Z, Zhu T, Qiu J. 2020. Histone-like nucleoid-structuring protein (H-NS) paralogue StpA activates the type I-E CRISPR-Cas system against natural transformation in Escherichia coli. Appl Environ Microbiol. 86:e00731-20. DOI：10.1128/AEM.00731-20 (研究生共同一作)

12. Sun D, Jeannot K, Xiao YH, Knapp CW. 2019. Editorial: horizontal gene transfer mediated bacterial antibiotic resistance. Front Microbiol 10:1933. DOI: 10.3389/fmicb.2019.01933 

13. Sun D. 2018. Pull in and push out: mechanisms of horizontal gene transfer in bacteria. Front Microbiol 9:2154. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02154 

14. Shen M, Chen Z, Mao X, Wang L, Liang J, Huo Q, Yin X, Qiu J, Sun D*. 2018. Two different restriction-modification systems for degrading exogenous DNA in Paenibacillus polymyxa. Biochem Biophys Res Commun 504:927-932. DOI: 10.1016/j.bbrc.2018.09.016（研究生一作）

15. Sun D. 2016. Two different routes for double-stranded DNA transfer in natural and artificial transformation of Escherichia coli. Biochem Biophys Res Commun 471:213-8. DOI：10.1016/j.bbrc.2016.01.137. 

16. Wang B, Sun D*. 2015. Detection of NDM-1 carbapenemase-producing Acinetobacter calcoaceticus and Acinetobacter junii in environmental samples from livestock farms. J Antimicrob Chemother 70:611-3. DOI：10.1093/jac/dku405 

17. 孙东昌,裘娟萍.Ⅰ-E型CRISPR/Cas系统介导适应性免疫分子机制研究进展.微生物学报,2016,56(1):1-7. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20150132

18. 卢亚兰,唐标,杨华,孙东昌.CRISPR-Cas系统转录调控机制的研究进展.微生物学报,2022,62(4):1308-1321. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20210504 （研究生一作）

19. 王晨羽,刘芝芝,唐标,杨华,孙东昌.利用CRISPR-Cas系统防控细菌耐药性的研究进展[J].生物工程学报,2022,38(4):1432~1445. DOI: 10.13345/j.cjb.210348 （研究生一作）

授权发明专利

1. 一种穿梭质粒载体及其构建方法和应用，ZL201710873809.9，2020 

2. 一种双荧光筛选β-丙氨酸合成酶的方法，ZL201910071013.0，2022

3.  β丙氨酸合成酶突变体、编码基因、基因工程菌及应用，ZL201710873809.9，2022

主持专刊

Horizontal Gene Transfer Mediated Bacterial Antibiotic Resistance: I  II