基因工程微生物，特别是大肠杆菌，已广泛应用于蛋白质和工业应用的医学和代谢物的生物合成。作为一种具有良好的传统益生菌，大肠杆菌尼氏1917（EcN）最近已成为一种微生物底盘，用于生产活体疗法、药物传递载体和工业生产的微生物平台。尽管工程实验室大肠杆菌K-12和B菌株已经有了遗传工具，但仍需要新的基因工程系统来扩大EcN的应用范围。在这篇综述中，我们总结了最新进展在基因工程系统的发展，以及他们的应用价值的生物合成和交付的小分子和生物大分子的医学和/或工业利益，紧随其后的是这个快速增长的领域将如何发展。