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A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling.
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2018-12-17 , DOI: 10.1038/s41467-018-07771-0 Xi Chen 1 , Ricardo J Miragaia 1, 2 , Kedar Nath Natarajan 1, 3 , Sarah A Teichmann 1, 4, 5
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2018-12-17 , DOI: 10.1038/s41467-018-07771-0 Xi Chen 1 , Ricardo J Miragaia 1, 2 , Kedar Nath Natarajan 1, 3 , Sarah A Teichmann 1, 4, 5
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The assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq) is widely used to identify regulatory regions throughout the genome. However, very few studies have been performed at the single cell level (scATAC-seq) due to technical challenges. Here we developed a simple and robust plate-based scATAC-seq method, combining upfront bulk Tn5 tagging with single-nuclei sorting. We demonstrate that our method works robustly across various systems, including fresh and cryopreserved cells from primary tissues. By profiling over 3000 splenocytes, we identify distinct immune cell types and reveal cell type-specific regulatory regions and related transcription factors.
中文翻译：
一种快速、稳健的单细胞染色质可及性分析方法。
使用测序 (ATAC-seq) 进行转座酶可及的染色质检测被广泛用于识别整个基因组的调控区域。然而，由于技术挑战，在单细胞水平（scATAC-seq）上进行的研究很少。在这里，我们开发了一种简单而强大的基于板的 scATAC-seq 方法，将前期批量 Tn5 标记与单核分选相结合。我们证明我们的方法在各种系统中都能稳健地工作，包括来自原代组织的新鲜和冷冻细胞。通过分析 3000 多个脾细胞，我们识别了不同的免疫细胞类型并揭示了细胞类型特异性调节区域和相关转录因子。
更新日期：2018-12-17
中文翻译：
一种快速、稳健的单细胞染色质可及性分析方法。
使用测序 (ATAC-seq) 进行转座酶可及的染色质检测被广泛用于识别整个基因组的调控区域。然而，由于技术挑战，在单细胞水平（scATAC-seq）上进行的研究很少。在这里，我们开发了一种简单而强大的基于板的 scATAC-seq 方法，将前期批量 Tn5 标记与单核分选相结合。我们证明我们的方法在各种系统中都能稳健地工作，包括来自原代组织的新鲜和冷冻细胞。通过分析 3000 多个脾细胞，我们识别了不同的免疫细胞类型并揭示了细胞类型特异性调节区域和相关转录因子。
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