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Highly Efficient Phosphoproteome Capture and Analysis from Urinary Extracellular Vesicles.
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2018-08-17 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00459 Xiaofeng Wu , Li Li 1 , Anton Iliuk 1 , W Andy Tao 1
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2018-08-17 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00459 Xiaofeng Wu , Li Li 1 , Anton Iliuk 1 , W Andy Tao 1
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Analysis of protein phosphorylation in extracellular vesicles (EVs) offers an unprecedented potential for understanding cancer signaling and early stage disease diagnosis. However, prior to the phosphoproteome analysis step, the isolation of EVs from biofluids remains a challenging issue to overcome due to the low yield and impurity from current isolation methods. Here, we carry out an extensive assessment of several EV isolation methods including a novel rapid isolation method EVTRAP for highly efficient capture of extracellular vesicles from human urine sample. We demonstrate that over 95% recovery yield can be consistently achieved by EVTRAP, a significant improvement over current standard techniques. We then applied EVTRAP to identify over 16 000 unique peptides representing 2000 unique EV proteins from 200 μL urine sample, including all known EV markers with substantially increased recovery levels over ultracentrifugation. Most importantly, close to 2000 unique phosphopeptides were identified from more than 860 unique phosphoproteins using 10 mL of urine. The data demonstrated that EVTRAP is a highly effective and potentially widely implementable clinical isolation method for analysis of EV protein phosphorylation.
中文翻译：
尿细胞外囊泡的高效磷酸化蛋白质组捕获和分析。
细胞外囊泡 (EV) 中蛋白质磷酸化的分析为了解癌症信号传导和早期疾病诊断提供了前所未有的潜力。然而，在磷酸化蛋白质组分析步骤之前，由于当前分离方法的产量低且存在杂质，从生物液中分离 EV 仍然是一个需要克服的具有挑战性的问题。在这里，我们对几种 EV 分离方法进行了广泛的评估，包括一种新型快速分离方法 EVTRAP，用于从人类尿液样本中高效捕获细胞外囊泡。我们证明，EVTRAP 可以持续实现超过 95% 的回收率，这是对当前标准技术的重大改进。然后，我们应用 EVTRAP 从 200 μL 尿液样本中鉴定出代表 2000 种独特 EV 蛋白的 16,000 多种独特肽，包括所有已知的 EV 标记物，其回收水平比超速离心显着提高。最重要的是，使用 10 mL 尿液从 860 多种独特的磷蛋白中鉴定出近 2000 种独特的磷酸肽。数据表明，EVTRAP 是一种高效且具有潜在广泛实施性的临床分离方法，用于分析 EV 蛋白磷酸化。
更新日期：2018-08-18
中文翻译：
尿细胞外囊泡的高效磷酸化蛋白质组捕获和分析。
细胞外囊泡 (EV) 中蛋白质磷酸化的分析为了解癌症信号传导和早期疾病诊断提供了前所未有的潜力。然而，在磷酸化蛋白质组分析步骤之前，由于当前分离方法的产量低且存在杂质，从生物液中分离 EV 仍然是一个需要克服的具有挑战性的问题。在这里，我们对几种 EV 分离方法进行了广泛的评估，包括一种新型快速分离方法 EVTRAP，用于从人类尿液样本中高效捕获细胞外囊泡。我们证明，EVTRAP 可以持续实现超过 95% 的回收率，这是对当前标准技术的重大改进。然后，我们应用 EVTRAP 从 200 μL 尿液样本中鉴定出代表 2000 种独特 EV 蛋白的 16,000 多种独特肽，包括所有已知的 EV 标记物，其回收水平比超速离心显着提高。最重要的是，使用 10 mL 尿液从 860 多种独特的磷蛋白中鉴定出近 2000 种独特的磷酸肽。数据表明，EVTRAP 是一种高效且具有潜在广泛实施性的临床分离方法，用于分析 EV 蛋白磷酸化。
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