杂交亲本之间的遗传距离影响杂种优势。但是，其机制尚不清楚。在这里我们报告说，这种遗传距离与生物钟的自然变异和表观遗传调控有关。在拟南芥的种内杂种中，许多生物和非生物胁迫响应基因的全基因组表达被昼夜抑制，这与生物量杂种优势和生物量定量性状基因座相关。不同生态型之间选定的胁迫响应基因的表达差异预示了它们杂种的杂种优势。应激反应基因在正常条件下会在杂种中被抑制，但在一天中的某些时候会在应激条件下被诱导为中亲或更高水平，从而潜在地平衡了应激反应和生长之间的权衡。与该假设一致，抑制两个候选的应激反应基因会增加生长活力。因此，我们的发现可能为有效选择亲本以生产高产或低产杂种提供新的标准。



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