Uridine insertion/deletion editing of mitochondrial messenger RNAs (mRNAs) in kinetoplastids entails the coordinated action of three complexes. RNA Editing Catalytic Complexes (RECCs) catalyze the enzymatic reactions, while the RNA Editing Substrate Binding Complex (RESC) and RNA Editing Helicase 2 Complex (REH2C) coordinate interactions between RECCs, mRNAs and hundreds of guide RNAs that direct edited sequences. Additionally, numerous auxiliary factors are required for productive editing of specific mRNAs. Here, we elucidate the role of KRBP72, an editing auxiliary factor of the ABC adenosine triphosphatase (ATPase) family that exhibits RNA-binding activity. In procyclic form Trypanosoma brucei, KRBP72 knockdown leads to a pause in editing at the base of a predicted stem loop structure in adenosine triphosphate synthase subunit 6 (A6) mRNA. Enhanced cross-linking and affinity purification revealed KRBP72 binding sites both within and upstream of this stem loop. KRBP72 ATPase activity is essential for its A6 mRNA editing function; however, its RNA-binding activity is dispensable. KRBP72 interacts with most RESC proteins in an RNase-sensitive manner. By contrast, RESC12A associates with KRBP72 in an RNase-insensitive fashion, and RESC12A promotes KRBP72’s interaction with RNA. Hence, KRBP72 ATPase activity facilitates progression of editing through a challenging secondary structure, highlighting this protein's crucial role in A6 mRNA editing.

中文翻译：

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KRBP72 通过线粒体 A6 mRNA 中的结构障碍促进 ATP 酶依赖性编辑进展


动质体中线粒体信使 RNA （mRNA） 的尿苷插入/缺失编辑需要三种复合物的协调作用。RNA 编辑催化复合物 （RECC） 催化酶促反应，而 RNA 编辑底物结合复合物 （RESC） 和 RNA 编辑解旋酶 2 复合物 （REH2C） 协调 RECC、mRNA 和数百种指导编辑序列的向导 RNA 之间的相互作用。此外，对特定 mRNA 进行高效编辑需要许多辅助因子。在这里，我们阐明了 KRBP72 的作用，KRBP72 是 ABC 腺苷三磷酸酶 （ATP 酶） 家族的一种编辑辅助因子，具有 RNA 结合活性。在前环形式的布氏锥虫中，KRBP72 敲低导致三磷酸腺苷合酶亚基 6 （A6） mRNA 中预测的茎环结构底部的编辑暂停。增强的交联和亲和纯化揭示了该茎环内部和上游的 KRBP72 结合位点。KRBP72 ATP 酶活性对其 A6 mRNA 编辑功能至关重要;然而，它的 RNA 结合活性是可有可无的。KRBP72 以 RNase 敏感方式与大多数 RESC 蛋白相互作用。相比之下，RESC12A 以 RNase 不敏感的方式与 KRBP72 结合，RESC12A促进 KRBP72 与 RNA 的相互作用。因此，KRBP72 ATP 酶活性通过具有挑战性的二级结构促进编辑进展，突出了该蛋白在 A6 mRNA 编辑中的关键作用。