Healthcare in low- and middle-income countries is becoming problematic due to the emergence of multidrug-resistant bacteria causing serious morbidity and mortality. Klebsiella variicola carrying multiple antimicrobial resistance (AMR) genes were found significantly among sepsis patients in a study done between October 2019 and September 2020 at four Ethiopian hospitals located in the central (Tikur Anbessa and Yekatit 12), southern (Hawassa), and northern (Dessie) parts. Among 1416 sepsis patients, 74 K. variicola isolates were identified using MALDI-TOF, most of them at Dessie (n = 44) and Hawassa (n = 28) hospitals. Whole genome sequencing showed that K. variicola strains identified at Dessie Hospital displayed phylogenetic clonality, carried an IncM1 plasmid and the majority were ST3924. Many K. variicola identified at Hawassa Hospital were clonally clustered and the majority belonged to novel STs and carried IncFIB(K) and IncFII(K) plasmids concurrently. Fifty K. variicola carried ESBL genes while 2 isolates harboured AmpC. Other frequently found genes were aac(3)-lla, blaCTX-M-15, blaTEM-1B, blaLEN2, blaOXA-1, blaSCO-1, catB3, dfrA14, QnrB1, aac(6')-lb-cr and sul2. Virulence genes detected at both sites were mrk operons for biofilm formation and siderophore ABC transporter operons for iron uptake. Capsular alleles varied, with wzi 269 at Dessie and wzi 582 at Hawassa. The isolation of multidrug-resistant K. variicola as an emerging sepsis pathogen calls for strong infection prevention strategies and antimicrobial stewardship supported by advanced bacterial identification techniques.

中文翻译：

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静脉克雷伯菌的基因组特征：从埃塞俄比亚转诊医院的脓毒症患者中鉴定出的新出现的病原体。


由于多重耐药细菌的出现导致严重的发病率和死亡率，低收入和中等收入国家的医疗保健正变得成问题。在 2019 年 10 月至 2020 年 9 月期间在位于中部（Tikur Anbessa 和 Yekatit 12）、南部 （Hawassa） 和北部 （Dessie） 的四家埃塞俄比亚医院进行的一项研究中，在败血症患者中显着发现了携带多种抗菌素耐药性 （AMR） 基因的静脉克雷伯菌。在 1416 例脓毒症患者中，使用 MALDI-TOF 鉴定了 74 株水曲霉克雷伯菌分离株，其中大多数在 Dessie （n=44） 和 Hawassa （n=28） 医院。全基因组测序显示，在 Dessie 医院鉴定的 K. variicola 菌株表现出系统发育克隆性，携带 IncM1 质粒，大多数是 ST3924。在 Hawassa 医院发现的许多 K. variicola 是克隆聚集的，大多数属于新的 STs，同时携带 IncFIB（K） 和 IncFII（K） 质粒。50 个 K. variicola 携带 ESBL 基因，而 2 个分离株携带 AmpC。其他常见的基因是 aac（3）-lla、blaCTX-M-15、blaTEM-1B、blaLEN2、blaOXA-1、blaSCO-1、catB3、dfrA14、QnrB1、aac（6'）-lb-cr 和 sul2。在两个位点检测到的毒力基因是用于生物膜形成的 mrk 操纵子和用于铁摄取的铁载体 ABC 转运蛋白操纵子。荚膜等位基因各不相同，Dessie 的 wzi 为 269，Hawassa 的 wzi 为 582。分离出多重耐药性水溶性克雷伯菌作为一种新出现的脓毒症病原体，需要强有力的感染预防策略和由先进的细菌鉴定技术支持的抗菌药物管理。