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玉米基因组的完整端粒到端粒组装
Nature Genetics ( IF 31.7 ) Pub Date : 2023-06-15 , DOI: 10.1038/s41588-023-01419-6
Jian Chen 1 , Zijian Wang 1 , Kaiwen Tan 1 , Wei Huang 1 , Junpeng Shi 1 , Tong Li 1 , Jiang Hu 2 , Kai Wang 2 , Chao Wang 2 , Beibei Xin 1 , Haiming Zhao 1 , Weibin Song 1 , Matthew B Hufford 3 , James C Schnable 4 , Weiwei Jin 1 , Jinsheng Lai 1, 5, 6, 7
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完整的端粒到端粒(T2T)完成的基因组一直是基因组研究的长期追求。通过生成深度覆盖超长牛津纳米孔技术 (ONT) 和 PacBio HiFi 读数,我们在此报告了玉米的完整基因组组装,其中每条染色体在单个重叠群中完全遍历。2,178.6 Mb T2T Mo17 基因组碱基准确度超过 99.99%,揭示了基因组所有重复区域的结构特征。有几个超长简单序列重复阵列具有连续的胸腺嘧啶-腺嘌呤-鸟嘌呤 (TAG) 三核苷酸重复序列,长达 235 kb。26.8 Mb 阵列的整个核仁组织区域与 2,974 个 45S rDNA 拷贝的组装揭示了 rDNA 复制和转座子插入的极其复杂的模式。此外,所有十个着丝粒的完整组装使我们能够精确剖析富含 CentC 和缺乏 CentC 着丝粒的重复组成。完整的 Mo17 基因组代表了理解高等植物基因组高度顽固重复区域的复杂性的重要一步。





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更新日期:2023-06-15
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