A comprehensive account of fungal classification from freshwater habitats is outlined and discussed in the present review based on literature of biodiversity studies and recent morpho-phylogenetic analyses. A total of 3,870 freshwater fungal species are listed with additional details on the isolation source, habitat, geographical distribution, and molecular data. The Ascomycota (2,968 species, 1,018 genera) dominated the freshwater fungal taxa wherein Sordariomycetes (823 species, 298 genera) had the largest number, followed by Dothideomycetes (677 species, 229 genera), Eurotiomycetes (276 species, 49 genera), and Leotiomycetes (260 species, 83 genera). Other phyla included in the updated classification of freshwater fungi are: Chytridiomycota (333 species, 97 genera), Rozellomycota (221 species, 105 genera), Basidiomycota (218 species, 100 genera), Blastocladiomycota (47 species, 10 genera), Monoblepharomycota (29 species, 6 genera), Mucoromycota (19 species, 10 genera), Aphelidiomycota (15 species, 3 genera), Entomophthoromycota (6 species, 4 genera), Mortierellomycota (5 species, 3 genera), Olpidiomycota (4 species, 1 genus), Zoopagomycota (3 species, 2 genera), and Sanchytriomycota (2 species, 2 genera). The freshwater fungi belong to 1,361 genera, 386 families and 145 orders. The Pleosporales and Laboulbeniaceae are the largest freshwater fungal order and family comprised of 391 and 185 species, respectively. The most speciose genera are Chitonomyces (87, Laboulbeniomycetes), Verrucaria (50, Eurotiomycetes), Rhizophydium (52, Rhizophydiomycetes), Penicillium (47, Eurotiomycetes), and Candida (42, Saccharomycetes).

本综述根据生物多样性研究文献和最近的形态系统发育分析，概述并讨论了对淡水生境真菌分类的全面描述。总共列出了 3,870 种淡水真菌物种，并提供了有关分离源、栖息地、地理分布和分子数据的更多详细信息。淡水真菌类群以子囊菌门（2,968 种，1,018 属）为主，其中伞菌纲（823 种，298 属）数量最多，其次是多丝菌纲（677 种，229 属），欧洲菌纲（276 种，49 属）和Leotiomycetes （260 种，83 属）。更新的淡水真菌分类中包括的其他门有：壶菌门（333种，97属），Rozellomycota（221种，105属），担子菌门（218种，100属），芽生枝菌门（47种，10属），单睑菌门（ 6属29种）、毛霉菌门（10属19种）、管霉菌门（3属15种）、昆虫霉菌门（4属6种）、被孢霉门（3属5种）、1属4种）、Zoopagomycota（3 种、2 属）和 Sanchytriomycota（2 种、2 属）。淡水真菌隶属145目、386科、1361属。 Pleosporales 和 Laboulbeniaceae 是最大的淡水真菌目和科，分别包含 391 种和 185 种。最特殊的属是Chitonomyces （87，Laboulbeniomycetes）、 Verrucaria （50，Eurotiomycetes）、 Rhizophydium （52，Rhizophydiomycetes）、 Penicillium （47，Eurotiomycetes）和Candida （42，Saccharomycetes）。