表面吸附体系的自由能矫正

马祖驹

以下内容仅供组内交流学习。

自由能：G=E+ZPE-TS

式中E为优化后结构再进行自洽计算所得能量值；grep TOTEN OUTCAR |tail -1

ZPE和TS的获得需要进行一个频率计算，具体：

１. 在自洽计算的INCAR中加入如下参数：

    IBRION = 5

    NSW = 1

    POTIM = 0.02

    ISYM= 0

    ISIF = 2

    NFREE = 2

２. 修改POSCAR，让吸附的分子动，基底原子不动。两种方法：

a)     直接修改POSCAR，在相应原子坐标后写入T　T　Ｔ，其它原子改为Ｆ　Ｆ　Ｆ；

b)     在MS中设置哪些原子动与不动，再导出xsd文件，导入的服务器，运行xsd2.pl文件，直接生成POSCAR，检查POSCAR是否满足有些原子动的特点；

３. 运行计算；

４. 数据处理：运行zpe-ts，可以直接得到ZPE和TS数值；

５. 结合E，就可以得到自由能G数值。每个体系（包括分子）的G相减便是ΔG.

其它：

1. 最后结果也可以直接运行vaspkit-13, 5, 501, 温度设置300K，检验ZPE和TS是否正确。

2. 纯表面体系的ZPE和TS默认为0。