2023年10月11日，重庆大学药物化学生物学团队在ACS Pharmacology & Translational Science上发表了题为“Comparative Study of DNA Barcode Integrity Evaluation Approaches in the Early-Stage Development of DNA-Compatible Chemical Transformation”的研究论文。
DNA编码分子库（DNA-encoded libraries, DEL）是一种新兴的药物发现前沿技术，该技术利用DNA序列对分子库中的化学结构基元进行编码，从而实现高通量而灵敏的药物高通量筛选。DEL筛选成功的概率取决于组合文库的化学多样性以及DNA条形码的准确性。因此，在开发用于DEL合成的DNA兼容化学反应时，获得高转化率的化学反应、并且同时保持DNA标签的完整性是必要的。目前在DEL领域，虽然已经存在一些分析方法来检测DEL化学反应引起的DNA损伤，但是仍然缺乏系统性、高效和经济的DNA损伤检测评估标准。
本文系统性地研究和建立了在实验室水平上评估化学反应的DNA兼容性的标准。我们基于三种不同单双链的DNA编码形式，构建了四种典型的DNA损伤模型。我们采用了四种药物分析手段，包括超高效液相色谱-质谱联用仪（UPLC-MS）、电泳、定量PCR（qPCR）和Sanger测序，对于这些DNA损伤模型的检测进行平行的对比。研究结果表明，超高效液相色谱-质谱联用仪最适用于化学反应DNA兼容性的初步判断，而Sanger测序则无法灵敏检测到化学反应引起的DNA损伤。总之，这项工作系统地揭示了不同分析方法在评估化学反应引起的DNA损伤方面的优劣。
该论文第一作者为重庆大学药学院的硕士研究生王慧聪，重庆大学药学院李亦舟教授、李杨峰副研究员和讲师张功为共同通讯作者。该论文受到了国家自然科学基金、中央高校基本科研专项资金、北京分子科学国家实验室开放基金、重庆市自然科学基金、高端外国专家引进计划的资助。
祝贺王慧聪在《ACS Pharmacology & Translational Science》上发表论文！
相关研究工作链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsptsci.3c00181IF: 6.0