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恭喜叶凯强同学“Spatial transcriptomic profiling of isolated microregions in tissue sections utilizing laser-induced forward transfer”论文发表与PLOS ONE,https://doi.org/10.1371/journal.pone.0305977
发布时间:2024-06-25

      在生物体内,细胞的基因表达具有空间异质性,因此在保留细胞空间位置信息的同时获取其转录组信息有助于更深入地理解组织器官功能。

      激光诱导前相转移 (Laser-induced forward transfer, LIFT)是一种通过激光脉冲将供给层材料转移至接收基板上的技术。基于此技术原理,我们提出一种名为“LIFT-seq”的组织切片感兴趣微区(micro-Regions of Interest, mROI)全长转录组测序方法。如Fig.1所示:首先,将波长1064 nm的红外激光引入显微镜光路中并聚焦在ITO玻片表面;随后,在显微镜观察下将光斑定位到组织切片特定位点上,通过调节激光强度大小对mROI进行采集,利用pcr管将样本收集并在pcr管内裂解;最后,采用基于smart-seq2的文库构建方法将微区样本进行测序文库构建,最后上机测序。

       测序数据分析结果表明,LIFT-seq可以准确地区分小鼠脑组织中海马和皮层区域中的mROI并鉴定出相应区域的标志基因 (Fig.2)。此外,LIFT-seq还区分出了皮层区域中具有层特异性的mROI并识别出对应的标志基因,进一步在艾伦脑图谱中的原位杂交结果图中验证了这些标志基因的空间异质性 (Fig.3)。因此,LIFT-seq是一种快速有效的mROI测序方法,可应用于中低通量需求的空间转录组学中。