PFA固定是制备FFPE样本的首要条件，而FFPE组织档案是临床标本的最大资源库。最近针对该类样本的单细胞核基因表达谱工作流程得到了开发。然而，由于RNA的不稳定性，对于FFPE等存档标本，病理学操作对转录组数据的影响基本上是轶事。本论文通过RNA-seq评估了PFA固定时间和石蜡包埋过程对小鼠海马转录谱的影响。结果显示固定1天和新鲜的FFPE组织的细胞核转录组特征与冰冻样本的相当。然而，PFA固定超过3天的大脑样本与冰冻样本的差异表达基因数量翻倍，尤其是与剪接体和突触相关通路的基因。此外，核内的细胞状态被破坏，脑组织固定3天后，神经元和少突胶质细胞比例降低，小胶质细胞比例升高，且不随着固定时间的延长引起更多的变化。此外，相比于固定时长，FFPE样本的储存时间（1年）对细胞组成的影响可忽略不计。简而言之，PFA固定时间对细胞核转录组学研究的影响大于FFPE样本的保存时间，悬崖式负面效应发生在大脑固定的1 ~ 3天内。

        本论文是首个详细分析固定时长对大脑细胞核转录组特征影响的工作。